图2

（A） 配对方案，突出miRNA（橙色）和3'UTR（绿色）之间生产性3'配对的核心区域。

（B） miRNA 3'区域内补充配对的优先位置。从具有代表性的脊椎动物miRNAs的7mer-m8位点开始表S1在miRNA的3'端滑动一个4mer窗口，在消息的相反区域搜索Watson-Crick匹配。将3'配对分数分配给每个miRNA 4mer，将4mer内的每个相邻配对的一个分数记为1分，将相邻配对向上游延伸1 nt的半分，将其向下延伸1 nt。miRNA 4mer及其补体在信息中的位置允许偏移，但偏移量超过±2 nt的每个核苷酸被评估为½分惩罚，并且不允许与已经与miRNA种子区域（1-8）配对的信息位置配对。当4mer有相邻配对的替代区域时，它被分配到替代得分最高的区域。对于每个位置，确定得分和阵列下调之间的Spearman相关性P（P）绘制的值。

（C） miRNA和mRNA配对区域之间的优选偏移。使用固定在miRNA核苷酸13-16的4mer重复分析（B），并评估评分和下调之间的相关性，以获得替代配对偏移。正偏移使miRNA3'配对片段相对于信息向右移动。

（D） 保守配对的优先位置。对人类3'UTR进行扫描，寻找与miRNAs表S1对于从miRNA第9个核苷酸开始的每个相邻的4聚体，我们搜索了互补的Watson-Crick 4聚体（在消息中正好相反），允许±2-nt偏移，并排除重叠到核苷酸1-8中。种子及其补充的4mer共同保守的情况被视为3'配对的保守实例。这与控制嵌合miRNA序列的相同5'种子序列，但具有不同miRNA的3'末端进行比较，并计算信号/背景。重复分析3分钟和5分钟。

（E） 4mers在同源人类miRNAs中保守。对于每个位置，显示了具有完全保守的4mer的人类miRNA家族的数量；只有一个人类伞降的家庭被排除在外。

（F） 7mer-m8位点的有效性通过良好或较差的3'配对进行补偿。用微阵列监测miRNA转染后mRNA丰度变化的分布（左）和累积分布（右），如图1B包括典型8分子位点的结果供参考。配对良好的位点为得分≥4的位点，配对不良的位点为分数≤2的位点。配对得分如（B）所示，但使用与核苷酸13-16相对应的固定miRNA 4mer，并将其他地方的连续配对计算为每对0.5分。配对良好的网站比配对不良的网站更有效(P（P）=0.007，单侧K-S试验）。