图1

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ChromHMM的样本输出

()从ChromHMM生成并在UCSC基因组浏览器中可视化的状态注释轨迹示例6,包括作为单个轨迹的分段的密集视图(顶部),以及作为单独轨迹显示每个状态的分段的扩展视图(底部)。(b条)ChromHMM自动生成的热图显示发射(左)和过渡(右)参数。(c(c))ChromHMM自动生成的状态功能丰富的热图示例。这些列表示每个状态(第一列)所代表的基因组的相对百分比和相对折叠富集:RefSeq转录起始位点(TSS);CpG群岛;TSS周围2000个碱基对间隔;外显子;基因;转录终末位点(TES);进化守恒;和核纹相关区域(补充说明).a-c公司所示的示例对应于在九种细胞类型中学习的先前模型.