组合表观基因组特征揭示了功能染色质。(A–C)核小体占用水平（“GpCs保护百分比”）由附近CpGs的甲基化状态分层显示（20 bp以内）。对于每种元素类型，该分析在覆盖与GpC相同基因组位置的所有读数中随机进行两次采样(左边标记为“跨所有读取”的图），第二次仅使用相同读取的甲基化状态(正确的图，标记为“同一读数”）（参见方法）。所有三个例子都表明核小体耗竭主要与非甲基化状态有关，但同时预测了AP-1结合基序(A类)在以相反的K4me3和meC标记的群体和内部阅读资料、增强子和启动子中显示这一点(B、 C类)仅在内部读取分析中显示此关联。0表示AP-1结合基序的中心(A类)，在K4me1标记区域内的DNase HS的峰值(B)和TSS(C类). (D类)通过在IMR90细胞中搜索TSS区域至少两个具有相反染色质分布的读取来查找不同染色质等位基因（DCA）的搜索策略。(E类)核小体缺失和非甲基化以及核小体占据和甲基化中存在的启动子在X染色体上富集。742个DCA基因与742个随机基因组进行了比较，共进行了1000次试验，并显示了每条染色体上的数量的标准偏差。A类P（P）-该值由X染色体通过二项检验确定，概率由随机试验确定。(F类)将DCA基因与1000个随机基因集进行比较，以确定50kb内已知印迹基因的数量。
