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图3。

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NOMe-seq揭示了CTCF位点上不同的染色质配置,并与特定组蛋白修饰和启动子类型相关。(一个)NOMe-seq在IMR90和GBM细胞中的CTCF位点显示出非甲基化NDR,其特征是CTCF部位本身的不可接近性达到峰值。定位良好的核小体位于CTCF位点两侧,DNA甲基化在核小体之间达到峰值。0表示CTCF结合基序的中间。CTCF结合位点来自GSM935404标准. (B类)NOMe-seq区分了IMR90细胞启动子处的三种主要启动子状态——活性H3K4me3标记的启动子是未甲基化的,并且在TSS之后含有NDR上游和定位良好的核小体。TSS显示在x个-轴设置为0。抑制/平衡H3K27me3标记的启动子未甲基化,核小体被占据。甲基化启动子被核小体占据。这个-轴表示M.CviPI不可接近性(1-CpG;teal)和CpG甲基化水平。(C类)在IMR90细胞中,CpG岛启动子的特征是缺乏CpG甲基化、上游NDR和TSS后定位良好的核小体。大多数CpG岛启动子是非甲基化的(11165),并显示相同的模式,而甲基化的CpG岛屿启动子(781)是核小体占用的,M.CviPI无法访问。(D类)非CpG岛启动子通常以CpG甲基化和不可接近M.CviPI为特征,表明核小体占据。少数非甲基化非CpG岛启动子(1397)在TSS上游的核小体耗尽,而大多数非CpG-岛启动子是核小体占用的,M.CviPI无法访问。在teal中绘制M.CviPI不可接近性(1-GCH),在黑色中绘制CpG甲基化(CGH)。

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