图2。

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NOMe-seq显示了特定位点和全球的核小体占有情况。(A类)使用新开发的IGV查看器模块对ATM启动程序进行全景显示(Thorvaldsdottir等人,2012年)以可视化NOMe-seq BAM对齐文件。这个顶部两个轨道表示两个GBM样本中每个样本的内源性DNA甲基化(在HCG位点),而轨道5和6表示相同GBM样本的GCH可及性。(红色)甲基化位点(HCG和GCH);(蓝色)非甲基化位点(HCG和GCH)。ATM和NFAT的启动子未甲基化(蓝色顶部两个轨道)和核小体缺失(即,可接近并因此甲基化,因此在轨道5和6中为红色)。两个GBM样本的甲基化和核小体占用模式相同。轨迹3和轨迹4显示了从这些轨迹导出的平均甲基化水平-在每个HCG中,该HCG甲基化的读取数除以甲基化和非甲基化的总读取数。与之前一样计算轨道7和轨道8中的平均GCH甲基化,但将其倒置(1-GCH),以表示整个主要数字中使用的核小体保护。该工具和源代码可在IGV项目网站上公开下载:http://www.broadinstitute.org/igv/. (B、 C类)NOMe-seq读数与CTCF一致(B)和TSS(C类). IMR90细胞中的核小体定位显示在-通过对M.CviPI的不可接近性(1-GpC甲基化;蓝线)和MNase测序读数的数量(蓝线)确定轴。对于MNase-seq,读取与8709个CTCF站点一致,而8687个CTCF-站点至少有一个GpC站点被至少三个读取覆盖(B). 对于TSS,42103个启动子用于MNase-seq,41292个启动子至少有一个GpC站点被至少三次读取覆盖。(D、 E类)基因启动子根据转录水平分为四分位(Hawkins等人,2010年)和相应的M.CviPI在里面可达性(1-GCH,蓝绿色线)绘制在-轴。(D类)CpG岛促进者。(E类)非CpG岛促进者。NDR在更高表达的基因中更强,在某些情况下,可以长达数百bp以容纳多个核小体。