NOMe-seq可以覆盖多种染色质结构。(A类)用M.CviPI处理IMR90细胞核后，提取DNA，进行亚硫酸氢转化，并进行测序。DNA甲基化状态由CpG二核苷酸获得，核小体占有信息由M.CviPI甲基转移酶无法进入GpC二核苷酸获得。DNA甲基化和核小体占有率数据的结合可以揭示四种不同的染色质特征：非甲基化和核小体缺失、非甲基化与核小体占用、甲基化与核小体占用以及甲基化和细胞核缺失。（黑圈）甲基化CpG位点；（茶色圆圈）可进入（甲基化）GpC位点。(B)我们发现，200单位的M.CviPI持续7.5分钟，随后增加100单位，准确显示TSS上游的NDR为热休克蛋白5（也称为GRP78级)，一个活性CGI启动子，同时也显示多梳抑制MYOD1年CGI启动子和甲基化修饰的CpG-poor兰姆3正如预期的那样，启动子被核小体占据，M.CviPI无法访问。大于146 bp的M.CviPI不可及区域被一个粉红色矩形覆盖，表示核小体占据。PCR扩增子大小：热休克蛋白5–447个基点，MYOD公司–474个基点，以及灯3–426个基点。
