突变对在SN1和5S rDNA染色质结构与基因表达（A） CpG（左）、CpNpG（中）和CpHpH（右）甲基化分析在SN1通过基因组DNA的亚硫酸氢盐测序。
（B） 用甲基化敏感限制酶HpaII（左）和MspI（右）消化5S rDNA的印迹分析。HpaII对CpG和CpNpG甲基化敏感，而MspI只对CpNp甲基化敏感。甲基化由上升阶梯表示，对应于5S rDNA多聚体（单体=约0.5 kb）。对每种植物的重复样品进行了分析。
（C） 使用抗二甲基活塞H3K9和二甲基活塞H1K4抗体进行ChIP分析。与免疫沉淀染色质相关的基因组DNA通过半定量PCR分析，引物对特异性为在SN1、逆转录转座子逆转录酶（At4g03800）（H3K9甲基化的内部控制）和PFK（At4g 04040）（H3 K4甲基化的外部控制）。对PCR产物进行量化，并与各自的内部对照进行比较，相对H3K4和H3K9甲基化水平相对于Col-0中的甲基化水平进行表达（任意设置为1.00）。
（D） 检测在SN1-半定量RT-PCR检测特定转录物。PFK转录物特异性引物被用作内部控制。在不添加逆转录酶（RT）的情况下进行一组平行反应，作为基因组DNA污染的质量控制。PCR产物相对于PFK进行归一化，并相对于Col-0（任意设置为1.00）计算表达水平。
