图4：

使用PAINT注释功能演变事件的一般工作流。第1步：馆长使用基于实验的注释给出一个初始假设，即该功能首先出现在所有基因的MRCA中，并带有相关的基于实验的注解。第二步：馆长决定哪一个祖先最适合注释：要么是最初假设的MRCA（选项A）；较早的祖先（选项B），这意味着来自步骤1的MRCA可能从较早的祖先继承了其注释；或更近的祖先（选项C），这意味着存在同源性，步骤1中的MRCA不是功能首次出现的地方。