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图4。

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SAGE-Seq标记映射和测序深度饱和度曲线。(A–C)三个选定基因家族表达谱的差异覆盖率:转录因子(A类)、GPCR(B类)和ABC运输车(C类).Y(Y)-axis列出了基因和x个-axis是平均基因表达指数(归一化标签计数的对数)。红色和蓝色分别表示传统SAGE和SAGE-Seq。SAGE-Seq在这些基因家族中检测到的基因比传统SAGE更多。()唯一的最佳标记基因数(-轴)与测序深度相关(x个-轴)。最佳标记基因的数量是由最佳标记映射的唯一基因的数量,如果多个标记映射到同一基因的最佳标记,则计算为一个。黑色和红色分别表示正常组和癌症组。符号“○”和“▴”分别表示传统SAGE和SAGE-Seq。实体曲线(饱和度曲线)是通过对正常(或癌症)组中所有库的组合进行采样而得到的模拟结果,这些库描述了随着测序深度增加的趋势。传统SAGE识别的最佳标签基因比SAGE-Seq要少得多。SAGE-Seq显示,癌症样本(红色三角形)比正常样本(黑色三角形)具有更多独特的最佳标记基因。传统SAGE无法检测到这种差异(红圈与黑圈)。

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