Gene expression profiling of human breast tissue samples using SAGE-Seq

Zhenhua Jeremy Wu; Clifford A. Meyer; Sibgat Choudhury; Michail Shipitsin; Reo Maruyama; Marina Bessarabova; Tatiana Nikolskaya; Saraswati Sukumar; Armin Schwartzman; Jun S. Liu; Kornelia Polyak; X. Shirley Liu

doi:10.1101/gr.108217.110

图1。

SAGE-Seq标签对齐和排序错误最小化。(A类)最佳标记是指紧邻poly（A）尾部的最3′端NlaIII位点（CATG）的标记。(B类)根据补充图S3中的标签对齐管道，样本N1的标签对齐统计。其他数据集的详细映射如补充电子表格1所示。(C类)标签映射期间显示的假定排序错误。所有列出的标签都是唯一映射到同一RefSeq基因的最佳标签“NM_001010号。”（并不是在同一位置唯一映射到该基因的每个标签都被列出。）X（X）-axis是按标签计数的降序列出的标签序列。最有可能是由于测序错误导致的序列中的一个碱基差异用红色标记。这个特定例子的测序错误最小化步骤是通过以下方式完成的：将所有这些标签的计数相加，并将其分配给标签“CATGGCCGTGTCCGCCTGCTA”，并删除所有其他标签。