成对输入的方向和位置顺序读取(R1–R2)。如果测序样品与原始副本相同,则读取的R1应可在5′端正向映射,R2应可在3′端反向映射。如果测序样品是互补副本,则读取的R1应可在3′端反向映射,R1应在5′端正向映射。