基于半读映射的标准拼接映射和交叉点搜索轮廓的工作流程：(一)拼接图由四个步骤组成：半读映射、种子选择、连接搜索和配对过滤。拼接图输出覆盖图和检测到的连接。(b条)每个半读都与基因组对齐，并进行扩展以获得部分对齐。读取的剩余部分（如果至少为10 nt）将用于搜索邻域（40万nt）内的匹配项。GT–AG拼接信号也用于筛选匹配项。
