RNA-Seq gene expression estimation with read mapping uncertainty

Bo Li; Victor Ruotti; Ron M. Stewart; James A. Thomson; Colin N. Dewey

doi:10.1093/bioinformatics/btp692

PMC全文：

生物信息学。2010年2月15日；26(4): 493–500.

2009年12月18日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btp692

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表2。

的错误独特的,营救和相对长度单位根据小鼠和玉米RNA-Seq数据模拟的样本表达值估计基因表达水平

			NPM（ν）或TPM（τ）中的样本基因表达
			[1, 10)	[10, 10²)	[10², 10^三)	[10^三, 10⁴)	[10⁴, 10⁵)	全部
小鼠RNA-Seq数据的模拟
		N个	5577	5240	1028	114	9	11968

	最大允许功率	`独特的`	18.9	18.7	19.1	19.9	20.7	18.8
		`营救`	2.8	1.1	0.8	0.7	1.2	1.6
ν		`相对长度单位`	2.3	0.8	0.4	0.2	0.3	1.1

	EF公司	`独特的`	93.9	96.2	96.5	100	100	95.2
		`营救`	26.9	6.1	6.4	7.9	33.3	15.9
		`相对长度单位`	18.8	2	0.8	0	0	9.7

		N个	6279	4025	886	111	15	11316
	MPE公司	`独特的`	29.6	29.2	30.9	32.8	32.1	29.6
		`营救`	12.6	6.8	6.1	5.9	5.8	8.2
τ		`相对长度单位`	2.6	1	0.4	0.3	0.4	1.5

	EF公司	`独特的`	93.7	93.9	95.6	99.1	100	94
		`营救`	79.5	73.2	72.2	69.4	66.7	76.6
		`相对长度单位`	27.8	6.2	1.1	0	0	17.7

玉米RNA-Seq数据的模拟
		N个	8934	4737	988	119	14	14792
	MPE公司	`独特的`	86.8	87.8	88.7	88.1	85.9	87.3
		`营救`	11.3	3.3	0.9	0.6	0.7	6.6
ν		`相对长度单位`	3.7	1.2	0.6	0.5	0.4	2.3

	EF公司	`独特的`	97.3	97.3	97.5	93.3	100	97.3
		`营救`	65.8	42.6	22.7	11.8	7.1	55
		`相对长度单位`	40.5	16.5	6.4	2.5	21.4	30.2

		N个	9210	4931	1040	113	12	15306

	MPE公司	`独特的`	86.1	84.2	85.2	80.5	96.3	85.5
		`营救`	21.3	11.8	8.9	8.5	7.7	16
τ		`相对长度单位`	4.6	1.5	0.6	0.5	0.3	2.8

	EF公司	`独特的`	97.2	96.7	97.1	98.2	100	97
		`营救`	89.4	88.3	85.8	82.3	91.7	88.8
		`相对长度单位`	47.5	18.8	6.1	4.4	16.7	35.1

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给出了不同表达水平的基因以及表达至少为1 NPM（ν）或1 TPM（τ）的所有基因的误差度量。粗体值表示估计值显著(P（P）<0.05）更准确，通过配对Wilcoxon符号秩检验进行评估。除了一个类别，相对长度单位比其他方法准确得多。对于高度表达的类别（10⁴−10⁵NPM）玉米，相对长度单位实际上在ηEF方面的表现比营救我们将这种奇怪现象归因于这一类别中少数基因（14）中的几个重复基因。