TEs可以通过多种方式影响基因表达在转录水平上，插入基因上游的TE（棕色）可能（i）插入启动子序列并引入替代转录起始位点，（ii）破坏现有的顺调控元件，或（iii）引入新的顺式转录因子结合位点等元素。此外，插入内含子内的TE可能会驱动反义转录，并可能干扰有义转录。最后，TE可以作为异染色质形成的核中心，潜在地沉默相邻基因的转录。在转录后水平上，插入基因3′UTR中的TE可能引入一个替代的多聚腺苷酸化位点，即microRNA或RNA结合蛋白的结合位点（未显示）。插入内含子内的TE会干扰前体mRNA的正常剪接模式，引发各种形式的选择性剪接（内含子保留、外显子跳跃等）。插入内含子（内含子包含隐秘剪接位点）内的TE可以作为替代外显子并入（“异形化”）。这可能导致新的蛋白质亚型的翻译，或通过无义介导的衰变（NMD）途径使mRNA失稳或降解，特别是如果外显TE引入了提前终止密码子（星号）。
