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2008年2月22日在线发布。 数字对象标识:10.1093/nar/gkn083

图2。

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使用BDPC进行亚硫酸氢盐基因组测序分析的工作流程。(A–C)使用BiQ分析仪(A)对测序数据进行初步分析。数据被组织在文件夹(B)中,并上传至BDPC进行分析和数据编译(C)。然后,可以将结果下载到一个ZIP文件中并在本地提取。(D类)BDPC生成以下文件:1)amplicon overview“summary.html”文件链接到带有嵌入图片的主要结果html文件,2)“downloader.txt”文件在一个文件中编译所有主要数据,3)“results_methylation_cg_sites.csv”文件,4)“resols_methelation_clones.csv”文件,5)“results_methylation_summary.csv”文件,6)“resaults_methilation_overview.csv“表,比较所有组织中所有扩增物的甲基化结果,7)“ucsc_upload.txt”文件。(E类)对于每个PCR产品,都会生成一个表示就绪的HTML文件,其中包含:1)用编号的CG-二核苷酸分析的序列。2) 每个CG-二核苷酸的DNA甲基化状态以图形方式显示。这里,每个柱对应PCR产物中分析的一个CG位点。每行代表一个亚克隆PCR产物。甲基化的CG-二核苷酸以红色方块表示,非甲基化的为蓝色方块,不存在的CG-二核苷酸以白色表示。3) 所有克隆的DNA甲基化总结和CG-二核苷酸存在的统计。4) 彩色编码图片中显示的每个CG-site的平均甲基化水平。5) 表中列出了每个亚克隆DNA分子的平均甲基化。

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  • 图1。
  • 图2。
  • 图3。
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