图6

（A） 保守5′种子匹配的全基因组发生率。直方图显示了一组49个5′非冗余miRNAs的5′种子匹配比率，以及不同种子类型（黑色条）的10个完全洗牌变体的平均值。比率为1（红线）表示miRNA及其洗牌变体之间没有差异。突变miRNAs及其洗牌变体的相同比率显示无信号（白色条）。插图描绘了整个miRNA序列的洗牌（紫色波浪线）。

（B） 目标场地保护D.黑腹果蝇和D.假遮蔽直方图显示了将与miRNA 3′端配对的保守8聚体种子匹配的上游3′UTR序列（16 nt）的平均保守性。所有位点都根据其保守性进行了分类，每个分类中的位点百分比显示了由49 5′非冗余miRNA序列（灰色）及其洗牌控制序列（黑色，错误条表示一个标准偏差）识别的位点。

（C） 3′配对偏好miR-7型目标站点。直方图显示了miR-7型（红色条）和50个3′洗牌变异体（黑色条）的平均值，这些变异体是通过6个5′种子匹配在全基因组范围内识别的miR-7。插图仅显示了miRNA序列3′端的洗牌（紫色波浪线）。由于miRNA的5′端没有改变，因此将相同的靶位点组与真实和洗牌miRNA的3′端配对进行比较。

（D） miRNA靶位点的3′配对偏好。直方图显示了58个3′非冗余miRNAs及其洗牌变体的前1%3′配对能量的比率。y轴显示每个比率的miRNAs数量。真正的miRNA以红色显示；突变体miRNA以黑色显示。左边显示的是8个和7个种子位点的组合。右图所示为5和6分子种子位点的组合。对于8和7分子结合的种子，1%对应于每miRNA约10个位点；对于合并的6和5mer，大约为25个站点。如果考虑到每个miRNA的位点较少，则实际miRNA和突变miRNA之间的差异会有所改善。

（E） 3′配对的非随机信号。绘制58个3′非冗余miRNAs及其洗牌miRNA3′末端（y轴）的靶位点数与3′配对能量超过给定配对截止值（x轴）的比值。100%是与3′端完全互补的序列的配对能量。随着所需的3′配对能量水平的增加，对信号起作用的miRNAs及其位点减少。实际miRNAs的图谱延伸到比突变体更高的3′配对能量，但随着位点数量的减少，我们观察到对比率的异常影响，因此当剩余miRNAss的数量低于5时，曲线被截断。