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| 状态 |
2023年8月1日公开 |
| 职务 |
带有验证库的大鼠CD4+T-MBP细胞，脑膜，rep R1 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
脑膜CD4+T-MBP细胞分类
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
细胞类型：脑膜分类CD4+T-MBP细胞
基因型：验证筛选KO
菌株：Lewis大鼠
时间：转学后第3天
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| 生长方案 |
在分离前三天将细胞转移到Lewis大鼠身上。在转移之前，将细胞保存在TCGF（补充有10%马血清和2%PMA刺激的EL4IL2细胞培养上清和1%Pen/Strep的完整DMEM）中四天，以增加T细胞的数量。然后，在补充有1%大鼠血清和10µg/ml MBP的完整DMEM中用50 Gy辐照胸腺细胞重新刺激T细胞两天，并通过逆转录病毒感染Nycoprep纯化的T-MBP细胞转导文库。转导后4天，将T细胞保存在0.5 ug/ml的嘌呤霉素中，以筛选感染细胞。在重新刺激后的第二天对细胞进行重新刺激和转移
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| 提取的分子 |
基因组DNA |
| 提取协议 |
通过金属滤网对脊髓的脑膜进行解剖和均质化。BFP+T细胞经FACS分类
用DNeasy Blood and Tissue Kit（Qiagen）从淋巴细胞或分选的TMBP细胞中分离基因组DNA（gDNA）。使用Q5高保真DNA聚合酶进行一步PCR扩增，每次反应使用2.5µg gDNA与Fwd-Lib（8个交错引物的混合物）和Rev-Lib（由8bp的独特条形码组成）引物进行共24个循环。Illumina适配器与扩增引物一起引入。补充表1列出了所有引物序列。用SPRIselect（Beckman Coulter）以1:0.8的比例（DNA与珠）纯化扩增的DNA扩增物，并在无核水中洗脱。确认存在约250bp DNA扩增子，并使用安捷伦生物分析仪在DNA 1000芯片（5067-1504）上测量浓度。
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| 图书馆战略 |
其他 |
| 库源 |
基因组学 |
| 库选择 |
其他 |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 1500公司 |
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| 描述 |
列名：R2Blood、R3Blood、R2梅宁格、R3Meninges、R2Parenchyma、R3Parenchymas、R2Spleen、R3Spleen，R1Blood、R1Meninges，R1Parenchyma/R1Spleen
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| 数据处理 |
Galaxy平台用于数据分析。对于原始的fastq文件，使用Je-Demultiplex-III进行解复用，然后使用Cutadapt和Trimmomatic获得20bp的sgRNA序列。
然后用MAGeCK（版本0.5.7.1+）计数获得计数。使用每个sgRNA的几何平均数进行归一化，在50个原始计数阈值后，在R（4.0.0+版）中对样本进行归一化酶，并将同一组织的两个以上重复中计数少于50的sgRNA全部丢弃。
MAGeCK测试在没有标准化或零去除的情况下运行，在Galaxy上没有默认参数，给出了用于噪声校正的对照非靶向sgRNA的信息。
所有进一步的数据处理都是用R完成的。
几何平均值R归一化sgRNA计数的制表符分隔的txt文件
MAGeCK计数中原始sgRNA计数的制表符分隔的txt文件
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| 提交日期 |
2023年5月11日 |
| 上次更新日期 |
2023年8月1日 |
| 联系人姓名 |
马丁·克申斯坦纳 |
| 电子邮件 |
martin.kerschensteiner@med.uni-muenchen.de
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| 组织名称 |
慕尼黑路德维希·马克西米利安大学医院生物医学中心临床神经免疫学研究所
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| 街道地址 |
Großhaderner街9号
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| 西蒂 |
普莱恩格 |
| 邮政编码 |
82152 |
| 国家 |
德国 |
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| 平台ID |
GPL18404公司 |
| 系列（2） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN35052124号 |
| SRA公司 |
SRX20301958型 |
