|
| 状态 |
2021年9月8日公开 |
| 职务 |
车辆_r2 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
| |
|
| 源名称 |
肝细胞
|
| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
菌株：Sprague Dawley
aav注射：未经处理
治疗：车辆
组织/细胞类型：原代肝细胞
|
| 治疗方案 |
Nr3c1fl/fl小鼠在处死前10天注射AAV-tbg-GFP或AAV-tbb-CRE。原代肝细胞在添加1%P/S和0.1%HAS的Gibo培养基199+GlutaMAX中去除血清4小时，然后用500 nM dex刺激细胞2.5小时，人胰岛素刺激2小时或两者结合，并采集RNA。
|
| 生长方案 |
老鼠被关在12小时的光/暗循环中，并接受夜间限制喂养的训练。从雄性Sprague-Dawley大鼠中分离出原代肝细胞，并将其接种在添加100 nM的Gibo Medium 199+GlutaMAX（Gibco life technologies，cat:41150-020）中的胶原涂层板上。Decadron（dex）、1%P/S、4%FCS和1 nM人胰岛素。隔离2-3小时后，将培养基改为Gibo培养基199+GlutaMAX，补充1%P/S、0.1%FCS和1 nM人胰岛素，并保存过夜。
|
| 提取的分子 |
polyA RNA |
| 提取协议 |
RNA_seq：原代肝细胞：在TRIzol RNA裂解试剂（ThermoFisher）中裂解细胞。肝组织：使用Ultra-Thorax在TRIzol-RNA裂解试剂中均质约5 mg肝组织。根据制造商的说明，使用EconoSpin柱（Epoc Life）纯化RNA。
ChIP-seq：从100-150mg甲醛交联肝组织制备染色质。交联的超声染色质为IP’ed抗体和蛋白A/G琼脂糖珠。用苯酚/氯仿提取DNA。
根据制造商（NEB）的说明，使用NEBNext Library准备套件构建ChIP'ed DNA库。根据制造商（Illumina）的说明，使用核糖体缺失，然后随机引物cDNA合成或polydT介导的cDNA合成，制备总RNA（1000 ng）用于测序。随后使用NEBNext Illumina RNA文库准备试剂盒进行文库准备。
|
| |
|
| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 1500公司 |
| |
|
| 描述 |
SM3030型
样品_3030
处理的数据文件：RNAseq_RAW_CT_rat_hep.txt
|
| 数据处理 |
使用STAR将RNA-seq和ChIP-seq测序数据与mm10或rn5对齐
RNAseq数据通过HOMER进行量化，并使用DESeq2进行归一化
GR ChIPseq峰值和病历文件是使用HOMER生成的
基因组构建：mm10或rn5
补充文件_format_and_content:具有DESeq2标准化RNAseq数据的病床图、峰值床文件和文本文件
|
| |
|
| 提交日期 |
2021年5月3日 |
| 上次更新日期 |
2021年9月8日 |
| 联系人姓名 |
拉尔斯·格伦特维德 |
| 电子邮件 |
larsgr@bmb.sdu.dk
|
| 电话 |
+45 24 60 14 06
|
| 组织名称 |
南丹麦大学
|
| 部门 |
生物化学和分子生物学
|
| 街道地址 |
Campusvej 55号
|
| 西蒂 |
欧登塞 |
| 邮政编码 |
5230 |
| 国家 |
丹麦 |
| |
|
| 平台ID |
GPL18404公司 |
| 系列（1） |
|
| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN18977405号 |
| SRA公司 |
SRX10754484型 |
