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状态 |
2023年2月27日公开 |
职务 |
大鼠海马-sdG7_fst_20_m |
样品类型 |
SRA公司 |
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源名称 |
海马
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有机体 |
褐家鼠 |
特点 |
组织:海马 菌株:Sprague Dawley 批次:批次2 治疗:强迫游泳试验-20分钟后
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治疗方案 |
FST 20m组在FST出现20分钟后斩首。FST 24 h组在FST出现24 h后断头。对照组未行FST。
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提取的分子 |
总核糖核酸 |
提取协议 |
根据制造商的建议,使用Direct-Zol RNA Mini-Prep试剂盒(ZymoResearch)进行总RNA分离。使用Quant-iT RNA-BR分析试剂盒和Qubit荧光计(Invitrogen)测量分离的总RNA浓度。使用Experion自动电泳系统(Bio-Read Laboratories)监测RNA质量。所有样品的RNA质量指数均高于8.5。 从总RNA中提取RNA的Poly-a部分用于RNA-seq。使用NEBNext®mRNA文库Perp试剂盒(美国NEB)制备测序文库。使用HiSeq1500(Illumina,美国)进行测序,测序结果不低于1500万。每个库读取50个长度。
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图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
库源 |
转录组学的 |
库选择 |
cDNA |
仪器型号 |
Illumina HiSeq 1500公司 |
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数据处理 |
使用适配器拆卸v2和defaul参数进行修整 使用STAR和RSEM对Rnor6.0基因组组装进行比对 对不同批次进行SVA批量校正,以补偿批次效应。由于获得的读取次数较少,因此组合了sdG10_fst_20_m、sdG21_fst_control和sdG27_fst_contol的重复序列。 使用limma-voom协议,使用TMM和CPM归一化获得差异表达 基因组构建:Rnor6.0 补充文件_format_and_content:使用RSEM获取处理的计数文件。
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提交日期 |
2020年12月2日 |
上次更新日期 |
2023年2月27日 |
联系人姓名 |
伊万·尼古拉耶维奇-弗拉索夫 |
电子邮件 |
invlasov@mail.ru
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组织名称 |
国家研究中心«库尔恰托夫研究所»
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门诊化验室 |
遗传病分子遗传学实验室
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街道地址 |
Akademika Kurchatova广场,2
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西蒂 |
莫斯科 |
邮政编码 |
123182 |
国家 |
俄罗斯 |
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平台ID |
GPL18404公司 |
系列(1) |
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关系 |
生物样品 |
SAMN16981800号 |
SRA公司 |
SRX9620544型 |