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| 状态 |
2023年2月27日公开 |
| 职务 |
大鼠海马-Slo_G22_II_fst_control |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
海马
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
组织：海马
菌株：Sprague Dawley
批次：批次1
治疗：对照
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| 治疗方案 |
FST 20m组在FST出现20分钟后斩首。FST 24 h组在FST出现24 h后断头。对照组未行FST。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
根据制造商的建议，使用Direct-Zol RNA Mini-Prep试剂盒（ZymoResearch）进行总RNA分离。使用Quant-iT RNA-BR分析试剂盒和Qubit荧光计（Invitrogen）测量分离的总RNA浓度。使用Experion自动电泳系统（Bio-Read Laboratories）监测RNA质量。所有样品的RNA质量指数均高于8.5。
从总RNA中提取RNA的Poly-a部分用于RNA-seq。使用NEBNext®mRNA文库Perp试剂盒（美国NEB）制备测序文库。使用HiSeq1500（Illumina，美国）进行测序，测序结果不低于1500万。每个库读取50个长度。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 1500公司 |
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| 数据处理 |
使用适配器拆卸v2和defaul参数进行修整
使用STAR和RSEM对Rnor6.0基因组组装进行比对
对不同批次进行SVA批量校正，以补偿批次效应。由于获得的读取次数较少，因此组合了sdG10_fst_20_m、sdG21_fst_control和sdG27_fst_contol的重复序列。
使用limma-voom协议，使用TMM和CPM归一化获得差异表达
基因组构建：Rnor6.0
补充文件_format_and_content:使用RSEM获取处理的计数文件。
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| 提交日期 |
2020年12月2日 |
| 上次更新日期 |
2023年2月27日 |
| 联系人姓名 |
伊万·尼古拉耶维奇-弗拉索夫 |
| 电子邮件 |
invlasov@mail.ru
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| 组织名称 |
国家研究中心«库尔恰托夫研究所»
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| 门诊化验室 |
遗传病分子遗传学实验室
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| 街道地址 |
Akademika Kurchatova广场，2
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| 西蒂 |
莫斯科 |
| 邮政编码 |
123182 |
| 国家 |
俄罗斯 |
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| 平台ID |
GPL18404公司 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN16981736号 |
| SRA公司 |
SRX9620534型 |
