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| 状态 |
2021年3月4日公开 |
| 职务 |
M3992-Sal-1 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
左心室组织
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
性别：男
治疗：生理盐水
禁欲：否
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| 治疗方案 |
成年雄性和雌性大鼠（8周龄）每天（10:00）皮下注射甲基苯丙胺（5 mg/kg/天）或生理盐水，连续10天。
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| 生长方案 |
雄性和雌性Sprague-Dawley大鼠（Charles River Laboratories，品系代码001）被成对饲养在标准笼子中，可以自由获取食物和水，并按照12小时/12小时亮/暗的时间表进行饲养（07:00时灯亮）。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
在第11天（最后一次注射盐水/甲基苯丙胺后24小时）分离心脏，或在最后一次注射盐水/甲基苯丙胺后30天分离心脏，以研究30天的禁欲期对心肌基因表达的影响。根据制造商的说明，使用Trizol（Thermo Fisher，Waltham，MA）分离总RNA。
使用来自Illumina（加利福尼亚州圣地亚哥）的Truseq RNA mRNA文库制备试剂盒从每个心脏制备RNA文库。在Illumina HiSeq1500测序仪上进行RNA测序（2 x 50配对末端读取；2000万读取/样本）。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 1500公司 |
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| 描述 |
原始计数.csv
标准化计数.csv
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| 数据处理 |
使用Trimmomatic v0.38对读取进行了调整，以删除适配器序列和低质量的基本调用
使用HISAT2 v2.1.0将读数与大鼠基因组rn06对齐
使用GenomicAlignments v1.16.0将对齐读取映射到Ensembl基因版本94的已知转录本
使用DESeq2 v1.20.0确定不同表达基因，Benjamini-Hochberg估计的假发现率为0.1，用作统计显著性阈值。
样品F4329-Sal-3未能与其他样品聚集，因此在进一步处理中被省略。
基因组构建：Rnor_6.0
补充文件格式和内容：CSV格式的每个样本的每个基因计数。
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| 提交日期 |
2020年9月28日 |
| 上次更新日期 |
2021年3月4日 |
| 联系人姓名 |
詹姆斯·丹维尔 |
| 电子邮件 |
denvir@marshall.edu
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| 组织名称 |
马歇尔大学医学院
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| 部门 |
生物化学与微生物学
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| 门诊化验室 |
基因组学和生物信息学核心设施
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| 街道地址 |
约翰·马歇尔大道一号
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| 西蒂 |
亨廷顿 |
| 省/自治区 |
WV公司 |
| 邮政编码 |
25755 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台ID |
GPL18404公司 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN16280364号 |
| SRA公司 |
SRX9202794型 |
