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| 状态 |
2020年3月2日公开 |
| 标题 |
盐水[16.TTTCAGA] |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
盐脑皮层
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
菌株：Sprague Dawley
年龄：胚胎第21天
治疗：母体注射生理盐水
组织：大脑皮层
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
使用RNEasy试剂盒（Qiagen）从右侧大脑皮层提取总RNA。只有RIN>9.5的RNA用于RNA-seq。
寡核苷酸-dT
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina NovaSeq 6000公司 |
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| 描述 |
16.TTTCAGA.run_2398_s_*_withindex_sequence.txt_TTCAGA
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| 数据处理 |
使用Illumina RTA 1.9进行基本呼叫
使用Illumina bcl2fastq2解复用
Fastq文件与STAR 2.0.4b合并并对齐
使用Subread:featureCount 1.45获得的基因计数。RPKM和CPM通过自定义R脚本从基因计数计算得出。
基因组构建：Ensembl Release 76 Rnor_5.0
补充文件_format_and_content:标签发送文本格式中的基因计数
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| 提交日期 |
2020年3月1日 |
| 上次更新日期 |
2020年3月2日 |
| 联系人姓名 |
阿尔文德·帕拉尼萨米 |
| 电子邮件 |
arvind.palanisamy@wustl.edu
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| 组织名称 |
华盛顿大学医学院
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| 部门 |
麻醉学
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| 街道地址 |
欧几里德大街南660号
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| 西蒂 |
圣路易斯 |
| 省/自治区 |
卫生官员 |
| 邮政编码 |
63110 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台ID |
GPL25947型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN14255363号 |
| SRA公司 |
SRX7825495型 |
