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状态 |
2019年11月19日公开 |
标题 |
原代肝细胞,载体,9小时,MS-94 |
样品类型 |
SRA公司 |
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源名称 |
原代肝细胞,载体
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有机体 |
褐家鼠 |
特点 |
品系:Sprague-Dawley大鼠 组织:肝脏 细胞类型:原代肝细胞 代理:控制 剂量:车辆 持续时间:9小时
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生长方案 |
我们将大鼠肝细胞、肾细胞和心肌细胞额外培养18小时,然后添加硫代乙酰胺-S-氧化物或载体(维持培养基;MM250用于肝细胞,EpiCM用于肾细胞)。
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提取的分子 |
总核糖核酸 |
提取协议 |
使用TRIzol试剂(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA)和direct-zol RNA MiniPrep试剂盒(Zymo Research,Irvine,CA)从培养细胞中分离出总RNA。然后将分离的RNA样品提交给范德比尔特大学医学中心VANTAGE Core(田纳西州纳什维尔)进行RNA质量测定和测序。使用2100生物分析仪(安捷伦,圣克拉拉,加利福尼亚州)评估总RNA质量。 使用具有索引适配器的KAPA Stranded mRNA样品试剂盒(新英格兰生物实验室),使用至少200ng具有高RNA完整性的DNase处理的总RNA来产生富含多A的mRNA文库。使用2100生物分析仪(安捷伦)评估文库质量,并使用KAPA文库定量试剂盒(KAPA Biosystems)对文库进行定量。根据制造商的协议(Illumina NovaSeq6000),对汇集的文库进行150-bp的双端测序。Bcl2fastq2转换软件(Illumina)用于生成去复用的Fastq文件。
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图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
库源 |
转录组学的 |
库选择 |
cDNA |
仪器型号 |
Illumina NovaSeq 6000公司 |
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描述 |
控制
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数据处理 |
使用Kallisto工具(版本0.42.4)分析RNA-seq数据,以进行读取对齐和量化。 我们通过在用替换重新取样后重复分析100次来计算转录物丰度估计的不确定性。我们将读取内容与从Ensembl网站下载的褐家鼠转录组(Rnor_6.0)进行了伪对齐 Kallisto输入:Kallisto quant-i$REF_KAL2-b 100-o rat_Edik/“$sample”$DATA_DIR/3744-“$sapple”_R1_001.fastq.gz$DATA_DIR/3744-“$samp”_R2_001.fastq.gz-t 10 基因组构建:褐家鼠转录组(Rnor_6.0) Supplementary_files_forma_and_content:制表符分隔的文本文件,包括丰度测量
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提交日期 |
2019年7月19日 |
上次更新日期 |
2019年11月23日 |
联系人姓名 |
帕特里克·希曼 |
电子邮件 |
patric.schyman@gmail.com
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电话 |
3016191978
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组织名称 |
生物技术HPC软件应用研究所(BHSAI)
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街道地址 |
惠蒂尔大道2405号200室
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西蒂 |
弗雷德里克 |
省/自治区 |
马里兰州 |
邮政编码 |
21702 |
国家 |
美国 |
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平台ID |
GPL25947型 |
系列(1) |
GSE134569 |
Sprague-Dawley大鼠原代肝细胞、肾管上皮细胞和心肌细胞对硫代乙酰胺-S-氧化物暴露的体外转录组反应 |
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关系 |
生物样品 |
SAMN12323959号 |
SRA公司 |
SRX6476555型 |