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状态 |
2018年12月18日公开 |
职务 |
预处理-0d.390-13 |
样品类型 |
SRA公司 |
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源名称 |
小肠中部
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有机体 |
苏斯克罗法 |
特点 |
组织:小肠中部 妊娠:早产儿 营养:空 出生后年龄:0d
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提取的分子 |
基因组DNA |
提取协议 |
DNeasy血液和组织试剂盒(Qiagen) RRBS协议
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图书馆战略 |
亚硫酸氢盐-当量 |
库源 |
基因组学 |
库选择 |
简化表示 |
仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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数据处理 |
从上述87个样本中提取基因组DNA,并进行RRBS文库制备。 然后在Hiseq 2500平台上对文库进行配对100/125bp多重测序。 原始测序数据由Illumina碱溶管道处理。数据分析中省略了每次读取包含30%以上N或10%以上序列的低质量读取,这些读取具有低质量值(质量值<20)。 使用BSMAP(BSMAP v2.73)将干净读数与NCBI Sus-scrofa参考基因组(Sscrofa10.2)对齐,以确定甲基胞嘧啶(mC)。 在末端包含至少一个酶消化位点的唯一映射读数用于进一步分析。 基因组构建:Sscrofa10.2 补充文件format_and_content:Cout文件包括染色体ID、C位点坐标、甲基化读取和非甲基化读取的数量。
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提交日期 |
2017年12月19日 |
上次更新日期 |
2018年12月18日 |
联系人姓名 |
德胜宫 |
电子邮件 |
gds19870718@163.com
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组织名称 |
深圳农业基因组研究所
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街道地址 |
鹏飞路7号
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西蒂 |
深圳 |
邮政编码 |
518120 |
国家 |
中国 |
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平台ID |
GPL19176型 |
系列(1) |
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关系 |
生物样品 |
SAMN08204521号 |
SRA公司 |
SRX3485095型 |