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状态 |
2018年5月9日公开 |
职务 |
ssMG-14d-7型 |
样品类型 |
SRA公司 |
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源名称 |
母猪乳腺
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有机体 |
苏斯克罗法 |
特点 |
组织:乳腺 分娩时间:(-)14天
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提取的分子 |
总核糖核酸 |
提取协议 |
采集组织并立即在液氮中冷冻,并在-80°C下保存,直到提取RNA。使用冰镇Trizol试剂(Invitrogen,Carlsbad,CA)提取0.4至1.4 g组织的总RNA。称重组织,放入10-15 ml冰镇TRIzol试剂中,均质,并根据制造商的方案提取RNA。RNA再次悬浮在RNA储存缓冲液中(Ambion,Austin,TX),并在使用前储存在−80°C。使用NanoDrop ND-1000分光光度计(NanoDrot Technologies,德国威明顿)分析分离RNA样品的数量和纯度。使用2100生物分析仪(安捷伦科技公司,加利福尼亚州圣克拉拉)评估RNA质量。 RNAseq文库是用Illumina的“TruSeq Straded mRNAseque Sample Prep kit”(Illuminia)制备的。通过qPCR对文库进行定量,并使用HiSeq SBS测序试剂盒版本4,从HiSeq2500上的片段一端在两条通道上进行101个周期的测序。使用bcl2fastq v2.17.1.14转换软件(Illumina)生成Fastq文件并进行解复用。适配器已使用Trimmomatic(v0.33)从读数中修剪。
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图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
库源 |
转录组学的 |
库选择 |
cDNA |
仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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数据处理 |
使用FASTQC(v0.11.15)应用程序对原始测序读数执行质量控制指标。 建立参考基因组索引,并通过STAR(v2.5.1b)将每个个体的单端清洁读数与参考基因组对齐。 根据Refseq基因注释(Sus scrofa基因组v10.2.86),使用Subread软件包(v1.5.0)对对齐的读数进行量化。 基因组构建:Sus scrofa基因组(v10.2.86)。 补充文件_files_format_and_content:以制表符分隔的文本文件包含数据矩阵,其中包含由featureCounts(Subread包)获得的每个库中每个功能的读取计数。数据帧包括六列:GeneID、Chr、Start、End和Length。
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提交日期 |
2017年7月27日 |
上次更新日期 |
2019年5月15日 |
联系人姓名 |
瓦伦蒂诺·帕隆博 |
电子邮件 |
瓦伦蒂诺.palombo@gmail.com
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组织名称 |
莫利斯理工大学
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部门 |
环境农业与营养研究所
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街道地址 |
经由弗朗西斯科·德桑克蒂斯
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西蒂 |
坎波巴索 |
邮政编码 |
86100 |
国家 |
意大利 |
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平台ID |
GPL19176型 |
系列(1) |
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关系 |
生物样品 |
SAMN07420357号 |
SRA公司 |
SRX3044602型 |