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状态 |
2017年5月20日公开 |
职务 |
YH_代表3 |
样品类型 |
SRA公司 |
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源名称 |
YH,背最长肌
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有机体 |
苏斯克罗法 |
特点 |
品种:魏 组织:骨骼肌
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治疗方案 |
约克郡猪是在与卫猪相似的条件下饲养的。
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生长方案 |
卫猪被随意饲养为商品猪饲料和水,直到它们被屠宰90公斤。
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提取的分子 |
总核糖核酸 |
提取协议 |
按照制造商的说明,使用TRIZOL试剂(Cat#15596-018,Life Technologies,Carlsbad,CA,US)提取总RNA,并使用安捷伦生物分析仪2100(安捷伦科技,Santa Clara,CA,US.)检查RIN编号以检查RNA完整性。合格的总RNA通过RNAClean XP Kit(Cat#A63987,Beckman Coulter,Inc.CA,US)和RNase-Free DNase Set(Cat#79254,QIAGEN,GmBH,Germany)进一步纯化。 使用TruSeq RNA Sample Pre Kit v2–Set A/B(Illumina)制备RNA-seq文库。
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图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
库源 |
转录组学的 |
库选择 |
cDNA |
仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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描述 |
YH5LD公司
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数据处理 |
使用CASAVA版本1.7执行的基本调用 使用FASTX-Toolkit 0.0.13版和Perl 5.8.8版对适配器序列的顺序读取进行裁剪,并对低复杂性或低质量的序列进行屏蔽 使用Tophat 2.0.9版将mRNA-seq读数与Sscrofa10.2.69基因组组装对齐,参数为:-r 100-I 50000--max-segment-intron 50000-a 10-g 10 使用袖扣版本2.2.1.Linux_x86_64生成基因丰度测量值并进行标准化;归一化标准为每千碱基外显子片段数(FPKM)。 使用R程序版本2.10.0中的edgeR功能包分析差异表达 基因组构建:Sscrofa10.2.69 补充文件_format_and_content:tab分隔的文本文件包括每个样本的标准化FPKM值和原始碎片计数
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提交日期 |
2017年5月19日 |
上次更新日期 |
2019年5月15日 |
联系人姓名 |
徐金根 |
电子邮件 |
xujingen123@163.com
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组织名称 |
安徽科技大学
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部门 |
动物科学学院
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街道地址 |
东华路9号
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西蒂 |
滁州 |
省/自治区 |
安徽 |
邮政编码 |
233100 |
国家 |
中国 |
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平台ID |
GPL19176型 |
系列(1) |
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关系 |
生物样品 |
SAMN07143098号 |
SRA公司 |
SRX2835408型 |