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| 状态 |
2017年9月25日公开 |
| 职务 |
样本9138-肝脏-高猪感染 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
肝脏
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
组织：肝脏
群体：高猪感染
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
在100 kg屠宰后，从尸体中提取肝脏，通过穿孔活检取回150 mg组织，并立即将其浸入2 ml Eppendorf试管中的1.5 ml RNAlater（德国希尔登QIAGEN）中（德国汉堡Eppendor）。尸体在4°C的冷藏室中保存约1.5小时，然后通过穿孔活检取回150 mg睾丸组织，并浸入1.5 ml RNAlater（QIAGEN）中。
按照制造商的说明使用TruSeq单链RNA（Illumina，San Diego，USA）试剂盒，或者按照制造商的说明使用TruSeq总链RNA（Illumina）试剂盒。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 描述 |
链状mRNA
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| 数据处理 |
用于基础调用的Illumina Casava1.7软件。
Trimmomatic v.0.33-通过标准参数对错误读数进行修剪：PE-phred33\ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10引导：3拖曳：3滑动窗：4:15最小值：36
Cutadapt v.1.8.1-适配器序列的修剪：-a TACACTTTCCCTACACGACGGCTCTTCCGATCT-a AGATCGAGTGTGTAGGGAAAGAGTA-a GTGACTTCAGTGTCTCGCGATCT-a AGATCGGAGCACACGTCTGACCCAC \-e 0.1-O 5-m 15-最小长度1 STAR校准器v.02021-根据参数校准：--runThreadN 10--outFilterMultimapNmax 3--outFilterMismatchNmax 8--readFilesCommand zcat--outSAMunmapped Within--outReadsUnmapped Fastx>>output.log
samtools v.1.3.1参数：view-h-F 1792
HT-seq计数v.0.6.0-通过参数计数的基因：-m交叉-空位-s反向-r pos-f sam-a 10-t外显子
基因组构建：Sus scrofa 10.2.79
补充文件_format_and_content:HT-seq计数文件（.txt）-原始基因计数
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| 提交日期 |
2017年1月17日 |
| 上次更新日期 |
2018年4月20日 |
| 联系人姓名 |
哈贾·N·卡达尔米丁 |
| 电子邮件 |
hajak@dtu.dk
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| 组织名称 |
丹麦技术大学
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| 部门 |
应用数学与计算机科学系
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| 门诊化验室 |
定量基因组学、生物信息学和计算生物学（QBC）小组
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| 街道地址 |
Richard Petersens Plads，324号楼
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| 西蒂 |
康根斯·林比 |
| 邮政编码 |
2800 |
| 国家 |
丹麦 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（2） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN06236626号 |
| SRA公司 |
SRX2498681型 |
| SRA公司 |
SRX3973952型 |
