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状态 |
2017年9月25日公开 |
职务 |
样本1326-肝脏-高猪感染 |
样品类型 |
SRA公司 |
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源名称 |
肝脏
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有机体 |
苏斯克罗法 |
特点 |
组织:肝脏 群体:高猪感染
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提取的分子 |
总核糖核酸 |
提取协议 |
在100 kg屠宰后,从尸体中提取肝脏,通过穿孔活检取回150 mg组织,并立即将其浸入2 ml Eppendorf试管中的1.5 ml RNAlater(德国希尔登QIAGEN)中(德国汉堡Eppendor)。尸体在4°C的冷藏室中保存约1.5小时,然后通过穿孔活检取回150 mg睾丸组织,并浸入1.5 ml RNAlater(QIAGEN)中。 按照制造商的说明使用TruSeq单链RNA(Illumina,San Diego,USA)试剂盒,或者按照制造商的说明使用TruSeq总链RNA(Illumina)试剂盒。
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图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
库源 |
转录组学的 |
库选择 |
cDNA |
仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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描述 |
链状mRNA
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数据处理 |
用于基础调用的Illumina Casava1.7软件。 Trimmomatic v.0.33-通过标准参数对错误读数进行修剪:PE-phred33\ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10引导:3拖曳:3滑动窗:4:15最小值:36 Cutadapt v.1.8.1-适配器序列的修剪:-a TACACTTTCCCTACACGACGGCTCTTCCGATCT-a AGATCGAGTGTGTAGGGAAAGAGTA-a GTGACTTCAGTGTCTCGCGATCT-a AGATCGGAGCACACGTCTGACCCAC \-e 0.1-O 5-m 15-最小长度1 STAR校准器v.02021-根据参数校准:--runThreadN 10--outFilterMultimapNmax 3--outFilterMismatchNmax 8--readFilesCommand zcat--outSAMunmapped Within--outReadsUnmapped Fastx>>output.log samtools v.1.3.1参数:view-h-F 1792 HT-seq计数v.0.6.0-通过参数计数的基因:-m交叉-空位-s反向-r pos-f sam-a 10-t外显子 基因组构建:Sus scrofa 10.2.79 补充文件_format_and_content:HT-seq计数文件(.txt)-原始基因计数
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提交日期 |
2017年1月17日 |
上次更新日期 |
2018年4月22日 |
联系人姓名 |
哈贾·N·卡达尔米丁 |
电子邮件 |
hajak@dtu.dk
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组织名称 |
丹麦技术大学
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部门 |
应用数学与计算机科学系
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门诊化验室 |
定量基因组学、生物信息学和计算生物学(QBC)小组
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街道地址 |
Richard Petersens Plads,324号楼
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西蒂 |
康根斯·林比 |
邮政编码 |
2800 |
国家 |
丹麦 |
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平台ID |
GPL19176型 |
系列(2) |
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关系 |
生物样品 |
SAMN06236583号 |
SRA公司 |
SRX3973939型 |
SRA公司 |
SRX2498668型 |