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| 状态 |
2018年5月17日公开 |
| 职务 |
第6-1页 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
原发性肺泡巨噬细胞
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
组织：原发性肺泡巨噬细胞
病原体：猪繁殖与呼吸综合征病毒
病毒株：JXwn06
病毒传代：F8
ifn：无
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| 治疗方案 |
在感染之前，将PAM解冻并以5*107个细胞/板的密度在板中培养48小时。用1×磷酸盐缓冲液（PBS）轻轻清洗细胞后，以10倍感染率（MOI）感染PRRSV JXwn06株或模拟感染DMEM。培养1h后，取出接种物，再次清洗细胞，然后补充含有5%FBS的新鲜RPMI 1640培养基。在不同时间点（感染后6h、9h和12h、24h）使用TRIzol（Invitrogen）收集细胞如前所述，在IFN刺激之前，将PAM解冻并培养48小时。分别用pig-IFN-α刺激6小时和12小时后，用TRIzol（Invitrogen）处理细胞并保存在液氮中以进行进一步的转录组学分析。每个实验重复进行。
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| 生长方案 |
从一只6周龄的无猪细小病毒、猪圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪细小病毒、伪狂犬病病毒、猪流感病毒和猪肺炎支原体感染的特异性无猪小猪身上分离出肺泡巨噬细胞（PAM）
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
将细胞在干冰上快速冷冻，并使用Trizol试剂收获RNA。Epicenter Ribo-Zero rRNA去除试剂盒与1 ug总RNA一起用于去除rRNA。Illumina TruSeq链总RNA样品制备试剂盒用于构建测序文库。
使用标准Illumina协议准备RNA文库进行测序
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 数据处理 |
Illumina Casava1.8.2软件用于基本呼叫。
对适配器序列的序列读取进行修剪，对低复杂度或低质量的序列进行屏蔽，然后使用Tophat2 v2.0.10使用参数--read_mismatches 2--read_gap_length 2--reade_dist 2映射到sus-scrofa全基因组
使用Chepelev等人的研究方案，核酸研究，2009年，计算了每百万碱基文库大小（RPKM）外显子的每千碱基读数。简言之，一个基因的所有亚型的外显子被合并为一个元转录。该元脚本外显子中的读取数根据元脚本的大小和库的大小进行计数和归一化。
基因组构建：Sscrofa10.2
补充文件_format_and_content:tab分隔的文本文件包括每个样本的RPKM值和计数
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| 提交日期 |
2016年11月10日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
曾南芳 |
| 电子邮件 |
409220693@qq.com
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| 电话 |
(+86)13811150368
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| 组织名称 |
中国农业大学
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| 部门 |
兽医学院
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| 门诊化验室 |
农业部兽医学院动物流行病学与动物疫病重点实验室
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| 街道地址 |
海淀区圆明园西路2号
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| 西蒂 |
北京 |
| 省/自治区 |
北京 |
| 邮政编码 |
100193 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
| GSE89331标准 |
不同时间点猪肺泡巨噬细胞对猪繁殖与呼吸综合征病毒或IFN-a应答的mRNAs和lncRNAs转录组分析 |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN06008912号 |
| SRA公司 |
SRX2341404型 |
