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| 状态 |
2017年10月12日公开 |
| 职务 |
OAB-10型 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
办公自动化
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
母系品种：丹麦长白×大白×杜洛克
发育阶段：仔猪
治疗：广谱抗生素
组织：远端小肠
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| 提取的分子 |
基因组DNA |
| 提取协议 |
小猪被戊巴比妥钠（200mg/kg，i.a.）安乐死。胃肠道立即切除。仔细清空小肠内容物并称重。从远端小肠的中部，将小块快速冷冻在液氮中，并保持在−80°C，以便稍后分析DNA甲基组和炎性细胞因子。
使用DNeasy Blood&Tissue Kit（Qiagen）从上述14个远端肠组织中提取基因组DNA，并进行RRBS文库制备。简单地说，用MspI酶（NEB）消化1.5µg基因组DNA，然后进行末端修复、A-碱基拖尾和5-甲基胞嘧啶修饰的适配器连接。进行大小选择以获得MspI消化产物40-250bp范围的DNA部分。然后，按照制造商的说明，使用ZYMO EZ DNA甲基化金试剂盒™进行亚硫酸氢处理。进行12个PCR周期以富集DNA片段，其中每个文库与DNA索引整合。文库由安捷伦2100生物分析仪和QPCR进行分析，以进行质量控制。然后在Hiseq 2500平台上对文库进行配对125bp多重测序。
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| 图书馆战略 |
亚硫酸氢盐-当量 |
| 库源 |
基因组学 |
| 库选择 |
简化表示 |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 描述 |
三头母猪（丹麦长白猪×大白猪×杜洛克猪）的仔猪在早产时剖腹产下（第106天或妊娠期的90%）
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| 数据处理 |
原始测序数据由Illumina碱溶管道处理。数据分析中省略了每次读取包含30%以上N或10%以上序列的低质量读取，这些读取具有低质量值（质量值<20）。
使用BSMAP v2.73将干净的读数与NCBI猪参考基因组（Sscrofa10.2）对齐，以确定甲基胞嘧啶（mC）。
在末端包含至少一个酶消化位点的唯一映射读数用于进一步分析。
基因组构建：Sscrofa10.2
补充文件format_and_content:Cout文件包括染色体ID、C位点坐标、甲基化读取和非甲基化读取的数量：
（1） 染色体
（2） 坐标（基于1）
（3） 股（+/-）
（4） 类型（CG/CHH/CHG）
（5） 序列上下文（Watson链方向上游2nt到下游2nt）
（6） 甲基化比率，计算为#C_counts/#eff_CT_counts
（7） 该位点上的有效总C+T计数（#eff_CT_counts）
（8） 该位点上的总C计数数（#C_counts）
（9） 此locuso上的总C+T计数（#CT_counts）
（10） 反向链轨迹上的总G计数数（#rev_G_counts）
（11） 反向链轨迹上的总G+A计数（#rev_GA_counts）
（12） 甲基化率95%置信区间的下限，由二项比例的Wilson评分区间计算得出。
（13） 甲基化率95%置信区间的上界，由二项比例的Wilson评分区间计算得出。
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| 提交日期 |
2016年10月13日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
德胜宫 |
| 电子邮件 |
gds19870718@163.com
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| 组织名称 |
深圳农业基因组研究所
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| 街道地址 |
鹏飞路7号
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| 西蒂 |
深圳 |
| 邮政编码 |
518120 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN05905696号 |
| SRA公司 |
SRX2242789型 |
