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状态 |
2016年9月6日公开 |
职务 |
MED1 0h葡萄糖B |
样品类型 |
SRA公司 |
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源名称 |
β-细胞_MED1 0h葡萄糖
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有机体 |
褐家鼠 |
特点 |
细胞系:INS-1E 细胞类型:β细胞 芯片抗体:抗MED1(M-255,sc-8998,Santa Cruz)
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治疗方案 |
在暴露于高(25 mM)葡萄糖之前,用5 mM葡萄糖培养基预培养细胞24小时。以相反的方式进行时间进程实验,即在0小时的时间点更换所有细胞的培养基,在连续的时间点向培养基中添加25 mM葡萄糖后,在12小时的时间点将所有细胞收获。
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生长方案 |
INS-1E细胞在RPMI 1640 w.11 mM葡萄糖中培养,补充5%热灭活FCS、50 uMβ-MeOH、1mM丙酮酸钠和100 U/ml青霉素+100 mg/ml链霉素。在第60代和第90代之间使用细胞
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提取的分子 |
基因组DNA |
提取协议 |
ChIP实验根据标准协议进行,如所述(Siersbk et al.2012,MCB,32:3452-3463) RNA-、DNase-和ChIP-seq文库使用PentAdapters(Pentabase)构建,基本上如先前所述(Nielsen R,Mandrup S,2014,Methods in Enzymology 2014,Vol.537,pp.261-279)。
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图书馆战略 |
ChIP-Seq公司 |
库源 |
基因组学 |
库选择 |
炸薯条 |
仪器型号 |
Illumina HiSeq 1500公司 |
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描述 |
处理后的数据文件:MED1_peakfile.txt
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数据处理 |
对齐:使用STAR将ChIP-seq读数映射到rn5(Dobin,A.等,生物信息学,2013)。29(1):p.15-21)设置为不跨拼接接头映射(--alignIntronMax 1--outSJfilterIntronMaxVsReadN 0) 峰值检测、量化和可视化:映射MED1 ChIP-seq读数使用HOMER进行峰值检测和量化(Heinz S等人,2010年)。分子细胞38:576–589)。通过调用makeTagDirectory生成标记目录(仅包括1个标记pr-bp,参数:-tbp 1),并使用findPeaks样式因子(FDR≤0)对复制实验的池库执行峰值检测。1%). 随后使用mergePeaks合并单个MED1峰值文件,并使用annotatePeaks.pl对每个重复和每个条件下每个峰值中心周围500 bp内的读数进行量化。MED1_peakfile.txt中提供了每个条件和复制的峰值位置和标准化计数(Pr.10 M读数)。可视化的BedGraph文件是使用makeUCSCfile生成的。 基因组构建(_B):rn5
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提交日期 |
2016年5月19日 |
上次更新日期 |
2019年5月15日 |
联系人姓名 |
苏珊·曼德鲁 |
电子邮件 |
s.mandrup@bmb.sdu.dk
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电话 |
+45 6550 2340
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组织名称 |
南丹麦大学
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部门 |
生物化学和分子生物学
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街道地址 |
Campusvej 55号
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西蒂 |
欧登塞M |
邮政编码 |
5230 |
国家 |
丹麦 |
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平台ID |
GPL18404公司 |
系列(1) |
GSE81628型 |
综合基因组学概述了双相葡萄糖反应和ChREBP-RORγ轴调节β细胞增殖 |
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关系 |
生物样品 |
SAMN05019602号 |
SRA公司 |
SRX1774907型 |