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状态 |
2016年9月6日公开 |
职务 |
RNA siATF4 0h葡萄糖C |
样品类型 |
SRA公司 |
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源名称 |
β-细胞_RNA siATF4 0h葡萄糖
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有机体 |
褐家鼠 |
特点 |
细胞系:INS-1E 细胞类型:β细胞
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治疗方案 |
转染前一天,将INS-1E细胞接种在密度为800.000细胞/cm2的无抗生素培养基中。将在无血清和抗生素的OptiMEM培养基(Gibco)中制备的转染混合物(750nM siRNA和5%v/v DharmaFECT(Thermo))以1:5的比例添加到细胞中。第二天,将培养基更换为标准RPMI,培养细胞2天,然后切换至5mM葡萄糖培养基24小时,然后暴露于(25mM)或低(5mM)葡萄糖12小时。
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生长方案 |
INS-1E细胞在RPMI 1640 w.11 mM葡萄糖中培养,补充5%热灭活FCS、50 uMβ-MeOH、1mM丙酮酸钠和100 U/ml青霉素+100 mg/ml链霉素。在第60代和第90代之间使用细胞
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提取的分子 |
总核糖核酸 |
提取协议 |
在总RNA的Isol RNA裂解试剂®(5-Prime)提取和EconoSpin(Epoc Life)柱纯化后,使用poly-dT珠分离聚腺苷酸化RNA,并根据制造商(Truseq 2®,Illumina)的说明进行RNA片段化和cDNA合成。 RNA-、DNase-和ChIP-seq文库使用PentAdapters(Pentabase)构建,基本上如先前所述(Nielsen R,Mandrup S,2014,Methods in Enzymology 2014,Vol.537,pp.261-279)。
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图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
库源 |
转录组学的 |
库选择 |
cDNA |
仪器型号 |
Illumina HiSeq 1500公司 |
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描述 |
处理的数据文件:Knockdowns_exon.txt
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数据处理 |
对齐:RNA-seq读取通过STAR映射到rn5(Dobin,A.等,生物信息学,2013)。29(1):p.15-21)使用默认参数。 量化:使用iRNA-seq管道(Madsen等人,Nucl.Acids Res.43(6):e40)对Ensemble(Rnor5.0)基因外显子内的mRNA-seq覆盖率进行量化,以评估成熟转录水平。Knockdowns_exon.txt中提供了EdgeR标准化读取计数 基因组构建(_B):rn5
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提交日期 |
2016年5月19日 |
上次更新日期 |
2019年5月15日 |
联系人姓名 |
苏珊·曼德鲁 |
电子邮件 |
s.mandrup@bmb.sdu.dk
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电话 |
+45 6550 2340
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组织名称 |
南丹麦大学
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部门 |
生物化学和分子生物学
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街道地址 |
Campusvej 55号
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西蒂 |
欧登塞M |
邮政编码 |
5230 |
国家 |
丹麦 |
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平台ID |
GPL18404公司 |
系列(1) |
GSE81628型 |
综合基因组学概述了双相葡萄糖反应和ChREBP-RORγ轴调节β细胞增殖 |
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关系 |
生物样品 |
SAMN05019598标准 |
SRA公司 |
SRX1774902型 |