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| 状态 |
2017年4月7日公开 |
| 职务 |
TCMF1型 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
TCMF公司
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
基因型：基础饮食+2.5 g/kg TCMF
收获期：重量84.05±0.86 kg
组织：骨骼肌中的肌纤维
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| 生长方案 |
实验动物购自广东文氏食品集团有限公司（中国云浮）实验动物中心。将60头146日龄阉割Pietran×Duroc×Landrace×Yorkshire肥育猪随机分为对照组、基础日粮组、14.49%粗蛋白组、13.73MJ/kg消化能组、0.86%有效赖氨酸组和对照组和TCMF（基础饮食+2.5 g/kg TCMF）。每只动物接受5次重复处理，每圈6头猪（3.5 m×4 m）。这些猪可以自由获得饲料和水，并被安置在一个受控的环境中。在适应新饮食7天后，实验持续了35天。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
根据制造商协议，使用Total RNA KitⅠ试剂（Omega Bio-Tek、Norcross、GAUSA）从猪背最长肌中提取总RNA。DNA酶（美国威斯康星州麦迪逊市普罗米加）用于消除微量基因组DNA污染。通过测定RNA在260 nm和280 nm处的吸光度来确定RNA纯度[31]。使用溴化乙锭染色琼脂糖凝胶上的28S、18S和5S rRNA条带检查提取RNA的质量。
使用标准Illumina协议准备RNA文库进行测序
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| 图书馆战略 |
miRNA-Seq基因 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
粒度分级 |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 数据处理 |
使用SPSS 19.0（美国伊利诺伊州芝加哥SPSS Inc.）进行独立样本检验，采用t检验程序对数据进行分析。P<0.05被认为是两组平均值之间的显著差异。结果显示为平均值±标准误差（SE）。通过Pearson相关系数分析深度测序和qPCR两种方法之间的相关性。测序数据处理遵循以下程序：简单地说，对原始读取进行Illumina管道过滤器（Solexa 0.3），然后使用ACGT1-miR（美国德克萨斯州休斯顿市LC Sciences）对数据集进行进一步处理，以删除不匹配的读取。通过BLAST搜索将这些独特的序列映射到miRBase 20.0中的特定物种或基因组，以获得前miRNA（mir）和成熟miRNA（micr）序列。
校准软件bowtie 0.12.8用于将读数映射回转录组。然后，对每个单基因的映射干净读数的数量进行计数，并将其归一化为RPKM值（每百万读数每kb的读数），该值被广泛用于计算单基因表达（Mortazavi等人，2008）。为了检测差异表达的基因，按照所述公式（Shen等人，2012）对文库进行了统计分析，其中使用FDR（错误发现率）确定了使用q值包进行多次测试和分析的阈值P值（Benjamini等人，2001）。在我们的工作中，以FDR≤0.001的阈值和log2Ratio≥1的绝对值筛选了两个样本之间差异表达的单基因。此外，还比较了上调和下调的单基因之间的GO分类和KEGG途径富集。
基因组构建：scrofa。Sscrofa10.2系列
补充文件_format_and_content:miRNA的表达数据和差异分析重用和.xlsx
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| 提交日期 |
2016年4月8日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
刘益华 |
| 电子邮件 |
317958188@qq.com
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| 组织名称 |
华南农业大学
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| 街道地址 |
天河市巫山街
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| 西蒂 |
广州 |
| 邮政编码 |
510642 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN04625419号 |
| SRA公司 |
SRX1688195型 |
