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状态 |
2016年7月5日公开 |
职务 |
MS肾脏 |
样品类型 |
SRA公司 |
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源名称 |
肾
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有机体 |
苏斯克罗法 |
特点 |
年龄:60天 组织:肾脏 品种名称:眉山
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提取的分子 |
总核糖核酸 |
提取协议 |
根据制造商的协议,使用TrIzol试剂(中国北京生命科技有限公司)提取总RNA。Illumina TruSeq RNA样品制备试剂盒与1 ug总RNA一起用于构建测序文库。 使用标准Illumina协议准备RNA文库进行测序
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图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
库源 |
转录组学的 |
库选择 |
cDNA |
仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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描述 |
消息导出.txt
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数据处理 |
Illumina Casava1.82软件用于基站呼叫。 对适配器序列的序列读取进行修剪,对低复杂度或低质量的序列进行屏蔽,然后使用Tophat将其映射到自身组装基因组。 套接字版本2.2.1用于量化基因表达并获得FPKM表达值(表示为每Mb映射读取的每Kb转录片段数)。 基因组构建:Sscrofa10.2 补充文件_format_and_content:tab分隔的文本文件包含每个样本的FPKM值。
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提交日期 |
2016年2月10日 |
上次更新日期 |
2019年5月15日 |
联系人姓名 |
李明州 |
电子邮件 |
mingzhou.li@163.com
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组织名称 |
四川农业大学
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街道地址 |
温江区惠民路211号
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西蒂 |
成都 |
省/自治区 |
四川 |
邮政编码 |
611130 |
国家 |
中国 |
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平台ID |
GPL19176型 |
系列(1) |
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关系 |
生物样品 |
SAMN04484999号 |
SRA公司 |
SRX1569909型 |
未提供补充数据文件 |
SRA运行选择器 |
系列记录中有处理过的数据 |
SRA中有原始数据 |
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