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状态 |
2014年6月17日公开 |
职务 |
168小时PH2 |
样品类型 |
SRA公司 |
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源名称 |
肝脏,再生期
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有机体 |
褐家鼠 |
特点 |
菌株:Fischer-344(F-344) 方案:肝部分切除术 时间:168h 组织:肝脏
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提取的分子 |
总核糖核酸 |
提取协议 |
使用TRIzol(Invitrogen,Carlsbad,CA,USA)的标准RNA提取方法从不同大鼠肝脏样品中提取总RNA。使用NanoDrop-1000分光光度计(意大利赛默飞世尔科学公司,Cinisello Balsamo,Italia)测定每个样品中的RNA浓度,并使用安捷伦2100生物分析仪和安捷伦RNA 6000纳米筒(安捷伦科技公司,加利福尼亚州圣克拉拉,美国)评估质量。 小RNA-Seq通过下一代测序(NGS)和顺序-旁路合成技术进行。根据Illumina TruSeq小RNA样品制备协议(Illuminia,美国),在文库制备中使用1μg总RNA。将大小较小的RNA文库进行凝胶纯化,并在浓度为10pM的HiSeq 1500(Illumina)上测序50个周期,再加上7个额外的周期进行指数测序
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图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
库源 |
转录组学的 |
库选择 |
粒度分级 |
仪器型号 |
Illumina HiSeq 1500公司 |
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描述 |
168h _柱_PH
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数据处理 |
使用CASAVA版本1.8执行基本调用 使用iMir的cutadapt工具删除了适配器序列 为了预测piRNA,iMir使用piRNABank(tranlib),而miRAnalyzer 0.3版用于鉴定已知的miRNA和其他sncRNA。 通过使用NCBI BLAST(v2.2.28+)预测推测的piRNAs,使用人类和小鼠同源物种的评估值<0.01的截止值。 使用R Bioconductor公司的DESEQ 1.14.0软件包对piRNAs和假定的piRNAs进行差异表达分析,设置p值≤0.05,折叠变化≤-1.5和≥1.5 基因组构建:贝勒3.4/rn4 补充文件_format_and_content:制表符分隔的文本文件表示piRNAs。它们是使用iMir生成的。
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提交日期 |
2014年3月11日 |
上次更新日期 |
2019年5月15日 |
联系人姓名 |
朱迪思·斯塔克 |
电子邮件 |
judith.staerk@ncmm.uio.no
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组织名称 |
UiO(奥斯陆大学)
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部门 |
NCMM(挪威分子医学中心)
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门诊化验室 |
干细胞组
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街道地址 |
NCMM-Forskningsparken,House 1,3rd Floor-Gaustadalléen 21号
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西蒂 |
奥斯陆 |
省/自治区 |
奥斯陆 |
邮政编码 |
0349 |
国家 |
挪威 |
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平台ID |
GPL18404公司 |
系列(1) |
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关系 |
生物样品 |
SAMN02687645号 |
SRA公司 |
SRX484305型 |