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| 状态 |
2024年6月6日公开 |
| 职务 |
哺乳动物大脑中抗抑郁剂和益生菌作用的共享和独特转录组特征 |
| 有机体 |
褐家鼠 |
| 实验类型 |
通过高通量测序进行表达谱分析
其他
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| 总结 |
为了独立于特定疾病模型的特异性全面表征AD的内在分子效应，我们从幼年大鼠的10个脑区生成了300个转录组图谱。三种经典三环抗抑郁药，安非他酮、地昔帕明、氟西汀和一种益生菌制剂（Lacidofil®）可以大规模改变大多数区域的基因表达[>1500个差异表达基因（DEGs）]，这表明传统的单基因或单途径分析可能会低估分子反应的复杂性。利用来自一组独立动物的前额叶皮层的空间转录组学，我们进一步描述了益生菌和氟西汀表现出分层特异性差异调节的DEG和分子途径。
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| 总体设计 |
补充我们的慢性氟西汀作用的多区域表观基因组和转录组图谱（Rayan等人，《分子精神病学》（2022））。https://doi.org/10.1038/s41380-022-01725-1)，我们使用批量RNA-seq分析了安非他酮、地昔帕明、氟西汀、麦芽糊精和益生菌诱导的10个脑区全基因组转录组变化（治疗3周后）。这里我们保存这些RNA-seq图谱（10个区域，6个治疗组，5个重复；10*6*5=300个图谱，GSE222756）。为了减少动物间生物变异的影响，每个RNA-seq样本来自2只动物（共60只动物）。我们用10x Visium空间组学分析补充了大量RNA-seq，重点是ILC和PLC。虽然这两个相邻的大脑区域通常作为一个整体进行研究，但在我们的分析中，它们显示出不同的治疗反应。我们用FT（4）vs Sham（4），Pro（4）vs Mal（2）治疗了一组独立的大鼠。然后，我们提取皮层切片并生成10x Genomics Visium空间转录组学图谱，其中包含约33000个空间定位点，每个点的平均检测基因数为2100个。
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| Web链接 |
https://doi.org/10.1038/s41380-024-02619-0
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| 贡献者 |
Arul Rayan N公司,林·M,Aow J公司,Prabhakar S公司,餐点M |
| 缺少引文 |
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| 提交日期 |
2023年5月26日 |
| 上次更新日期 |
2024年6月6日 |
| 联系人姓名 |
Nirmala Arul Rayan公司 |
| 电子邮件 |
arulrayan@gis.a-star.edu.sg
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| 组织名称 |
新加坡基因组研究所
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| 街道地址 |
Biopolis街60号
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| 西蒂 |
新加坡 |
| 邮政编码 |
138672 |
| 国家 |
新加坡 |
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| 平台（1） |
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| 样品（14）
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| 关系 |
| 生物项目 |
PRJNA976677公司 |
