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| 状态 |
2019年7月25日公开 |
| 职务 |
大鼠小胶质细胞在炎症极化或前侵袭极化时的开放染色质景观 |
| 有机体 |
褐家鼠 |
| 实验类型 |
高通量测序的基因组结合/占有率分析
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| 总结 |
小胶质细胞是脑内的髓细胞，在健康和脑病理学中发挥着重要作用。虽然有关于活化小鼠小胶质细胞染色质可及性的数据，但没有关于受到不同刺激的大鼠小胶质细胞的数据。在此，我们报告了一个全面的、重复的、FDR控制的大鼠小胶质细胞DNase-hypersensitive（DHS）开放染色质区域数据集。我们比较了未经处理的原代小胶质细胞培养物和用脂多糖（LPS）或胶质瘤调节培养基（GCM）刺激6h的培养物的开放染色质景观。胶质瘤分泌因子诱导小胶质细胞的前侵袭性和免疫抑制激活，其中这些细胞促进肿瘤生长。大鼠小胶质细胞的开放染色质景观由126640个可复制的DHS区域组成，其中12357和2303个区域在LPS和GCM刺激后显著改变开放性。活性基因具有组成性开放启动子，但靠近基因的DHS区域的累积开放度与其表达之间没有直接依赖性。LPS调节的DHS区域在内含子中更为频繁，而GCM调节的区域则更为频繁地远离基因体。GCM和LPS治疗对Toll-like受体信号通路和Axon导向中基因定位的开放染色质区域有不同影响，这表明迁移小胶质细胞所使用的分子机制与生长轴突的分子机制相似，此外，这些通路的调节有助于胶质瘤诱导小胶质细胞的前侵袭极化。我们的大鼠小胶质细胞活性开放染色质区域数据集将为研究该系统的转录调控提供有用的资源。
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| 总体设计 |
将新生大鼠分离的小胶质细胞保存在细胞培养中，不进行处理（对照组）或用脂多糖（LPS）或C6胶质瘤调节培养基（GCM）刺激6h。为每种条件准备两个独立的生物复制品（小胶质细胞培养物），每个培养物均取自10-15只幼鼠。
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| 贡献者 |
Przanowski P公司,蒙达尔SS,达布罗夫斯基M |
| 引文 |
31339627 |
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| 提交日期 |
2018年12月4日 |
| 上次更新日期 |
2019年7月27日 |
| 联系人姓名 |
米夏·布鲁斯基 |
| 电子邮件 |
m.dabrowski@nencki.du.pl
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| 组织名称 |
尼基实验生物学研究所
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| 门诊化验室 |
分子神经生物学实验室
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| 街道地址 |
巴斯德菌3
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| 西蒂 |
华沙 |
| 邮政编码 |
02-093 |
| 国家 |
波兰 |
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| 平台（1） |
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| 样品（6）
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| 关系 |
| 生物项目 |
项目编号：508361 |
| SRA公司 |
SRP172476号文件 |
