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ClinVar提交门户

ClinVar提交门户是向NCBI的ClinVar提交数据的网关。在提交门户中,您可以:

  1. 登录或创建帐户
  2. 注册您的组织
  3. 授权组织中的多个提交者
  4. 提交您的数据
  5. 跟踪您的提交
  6. 更新过去的提交
  7. 获取发布记录的累计报告


登录或创建帐户

转到ClinVar提交门户:https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar网站/

1.点击“登录”按钮


显示ClinVar提交门户的登录页面

MyNCBI使用第三方登录来创建帐户和登录。第三方登陆是指您在其他网站上使用的登录,包括谷歌、脸书、ORCID、eRA Commons和Login.gov。

  • 如果您已有MyNCBI帐户,请单击“登录”按钮,选择适当的第三方选项并输入您的凭据。
  • 如果您没有MyNCBI帐户,请创建一个新帐户。

关于第三方登录的一些提示:

  • 有很多选择,没有一个是错的(为您选择最佳的第三方选择).
  • 如果您因为使用其他NCBI资源(例如PubMed)而拥有现有帐户,则可以使用相同的凭据。
  • 许多人使用ORCID帐户。
  • 如果您希望使用您的大学/组织登录,请单击“更多登录选项”按钮并使用搜索栏进行查找。
  • 如果您有eRA Commons帐户来处理NIH拨款,您可以使用该帐户。
  • 如果您最终拥有多个帐户,需要合并这些帐户或对登录有其他问题,请联系NCBI服务台.

安全警告:NCBI强烈反对共享MyNCBI帐户和登录信息。如果在一个组织内为多个用户维护一个通用帐户,例如使用通用登录名和/或共享密码,可能会严重影响数据的安全性和完整性。如果有多人将从您的组织提交,请参阅下面的部分,了解如何授权多个提交者.

登录后,您的用户名将显示在右上角:


登录ClinVar提交门户后显示

2.编辑您的个人资料

  • 首次登录后,单击页面右上角的“我的配置文件”访问您的配置文件,并填充所需的(*)字段。
  • 您的电子邮件以及您的名字和姓氏必须在此表格上可见,以便我们处理您的提交。
  • 我们强烈建议您选中“提交状态更改时发送电子邮件通知”复选框,这样,如果我们对提交内容以及处理提交内容的时间有疑问,您就会收到电子邮件通知。


在ClinVar提交门户中显示提交者配置文件

3.审查并接受ClinVar提交条款

  • 您必须接受这些条款才能注册您的组织并提交给ClinVar。


显示ClinVar提交门户的提交条款

注册您的组织

  • 在提交给ClinVar之前,需要在提交门户中注册您的组织。
  • 注册只需进行一次;应该避免多次注册同一个组织。
  • 如果您想向您的组织添加新的提交者,请不要注册新的提交者。了解如何授权多个提交者.


确定您的组织是否已注册

  • 搜索ClinVar的提交人名单以确定您的组织是否已注册。请注意,此列表仅包括至少有一个提交给ClinVar的公开组织。
  • 在注册过程中,会在ORGANIZATION INFORMATION选项卡上执行额外的重复检查(请参阅下一节)。


注册新组织

1.单击按钮“请创建新组织”


用按钮显示以在ClinVar提交门户中创建新组织

2.填写“组织信息”选项卡上的必填字段

ClinVar使用以下术语表示提交者的从属关系:

期限 定义 例子
组织 较大机构内的较小实体 实验室、诊所、部门、LSDB
机构 由一个或多个较小组织组成的较大实体 大学、医院、公司、政府机构
  • 应提供组织和机构的不同名称,以便能够给出ClinVar提交的正确属性。在某些情况下,仅提供组织就足够了,例如对于公司(GeneDx)或LSDB(CFTR2)。

  • 请提供您的组织和机构名称:


显示以在ClinVar提交门户中输入组织和机构

  • 完成后,单击“继续”。

  • 如果您的组织看起来已经注册,可以提交给NIH基因检测注册中心(GTR)或ClinVar,则会出现提示:


在ClinVar提交门户中显示类似组织

  • 如果该组织已在GTR中注册,请从下拉菜单中选择该组织。表格将自动填充来自GTR的信息。单击“继续”继续注册。
  • 如果下拉菜单中的所有组织都与您的组织不同,请选择“无”,然后再次单击“继续”以完成表单。
  • 如果该组织已在ClinVar中注册,则注册过程将停止。相反,您将被要求联系组织的管理员,将其添加到提交者组。无需再次注册该组织。


下面是一个完整的“组织信息”选项卡:


在ClinVar提交门户中显示完整的组织信息选项卡

3.在“人员信息”选项卡上填写有关组织人员的信息

  • 在ClinVar中添加要显示在组织页面上的任何人员。请注意,本节并不授权其他个人为您的组织提交;要实现这一点,请参阅有关如何授权多个提交者.


下面是完整的人员信息选项卡:


在ClinVar提交门户中显示人员信息选项卡

4.查看您的组织信息,然后单击Review&Submit选项卡上的“提交”按钮

  • ClinVar员工将在一到三个工作日内审查您的组织注册信息。
  • 我们将与您联系以解决任何问题。
  • 批准后,您将收到来自clinvar@ncbi.nlm.nih.gov其中包括如何提交给ClinVar的说明。


更新现有组织或人员

  • 登录ClinVar提交门户,使用组织名称下方的“编辑此组织”或“编辑人员”按钮。您必须是组织的提交者组的成员(请参阅下一节),并且具有“修改”权限才能进行任何更改。


授权组织中的多个提交者

  • 提交给ClinVar的权限是通过组织的提交者组进行管理的,这与组织的人员不同。您必须是提交者组的成员才能提交给ClinVar。
  • 当您的组织注册获得批准时,将创建提交者组。当时,提交组织注册的人是唯一的提交者组成员,也是唯一能够提交给ClinVar的人。此人也是提交者组管理员,可以邀请其他人加入提交者组。
  • 要发送加入提交者组或进行更改的邀请,请登录ClinVar提交门户并使用组织名称下方的“编辑提交者组”按钮。
  • 请参阅我们的文档提交者组获取有关如何访问提交者组和管理其成员身份的信息。


提交您的数据

请参阅我们的提交说明,了解如何准备提交文件发送您的提交.

代表其他组织提交

ClinVar还支持代理提交,即当一个组织代表提交组织上传提交内容时。在这种情况下,虽然ClinVar确实跟踪中介组织是谁,但只有提交组织收到提交的属性。要代理提交,请执行以下操作:

  1. 提交组织必须在提交门户中注册。
  2. 组织注册获批后,提交组织需要将代理提交的人员添加到其提交者组中。
  3. 准备提交时,代理登录到提交门户并从可用组织列表中选择提交组织。
  4. 在ORGANIZATION INFORMATION选项卡上,当被问及是否代表其他组织提交时,代理选择“是”并输入代理自己组织的名称。


跟踪您的提交

登录后,ClinVar提交门户会提供组织每次提交的摘要。提交状态选项包括:

  • 未完成:尚未提交
  • 处理:提交并由ClinVar员工审查
  • 处理:完整且公开
  • 错误:检测到需要更正的错误以继续处理
  • 删除:应提交人要求或因缺乏响应而删除

未完成的提交包括编辑或删除提交的链接;一旦您的数据提交并由ClinVar员工审查,这些选项就不可用。已成功处理的提交包括指向摘要报告的链接。


在ClinVar提交门户中显示提交表

更新过去提交的内容

请参阅我们的提交说明,了解如何更新过去的提交.


获取发布记录的累计报告

当登录到ClinVar提交门户时,会提供一个按钮,该按钮将生成您的每个记录的最新版本的报告,这些记录显示在ClinVar网站和FTP网站上。


在ClinVar提交门户中显示生成累计报告的按钮

上次更新时间:2023-03-20T20:07:36Z