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如何引用NCBI分类数据库

如何创建到NCBI分类法的链接

如何从NCBI分类法创建LinkOut链接

灭绝的生物体

分类的最近更改

链接到NCBI分类数据库

与有机体名称的链接如下所示：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi？name=drosophila+米兰达

具有分类id的链接：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi？id=7215

分类法浏览器显示两种页面-显示分类本身的页面，以及仅显示关于特定分类单元的信息的页面。对于分类页，一个论点等级设置显示的深度。因此，如果您希望仅显示某些taxon，那么你必须设置等级=1.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi？id=7215&lvl=1

此参数的默认值为三.零值-等级=0强制a分类单元显示页面（即使对于内部节点）

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi？id=7215&lvl=0

如果要在分类页面上查看各种Entrez数据库的记录计数器，必须使用参数第页将Entrez数据库的名称作为参数，如p=核苷酸。当前支持以下数据库：

Entrez数据库	参数第页价值
核苷酸	核苷酸
蛋白质	蛋白质
结构	结构
基因组	基因组
弹出集	popset系列
SNP公司	snp公司
3D域	域
域	cdd（光盘）
GEO数据集	gds公司
GEO表达式	地理
非重复序列	尤尼金
UniSTS大学	联合演奏家
公共医学中心	项目管理委员会
基因	基因
同源基因	同系物

每个计数器显示为每个分类单元右侧的热链接。每个链接的颜色与相应链接的颜色相同页面顶部灰色控制区域中的数据库复选框文本。

还有一些指向有用资源的链接用这些计数器。这些链接也使用参数启用第页并显示为命名的热链接。目前，这一套包括：

热链接名称	第页价值	资源描述
地图视图	地图视图	NCBI地图查看器展示了几种类型的基因组图的图形视图
链接输出	has_linkout（有链接）	链接输出是NCBI外部网络链接集合，旨在为用户提供各种相关网络可访问在线资源的链接，包括全文出版物、生物数据库、消费者健康信息、研究工具等。可以找到NCBI当前非书目LinkOut提供商的列表在这里.
爆炸	基因组母细胞	爆炸（基本局部比对搜索工具）是一组相似性搜索程序，旨在探索所有可用的序列数据库。
跟踪	追踪	跟踪存档包含测序中心生成的跟踪数据和用于识别这些跟踪的辅助信息。

可能有多个参数第页:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi？id=7215&p=structure&p=protein&lvl=2

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi？name=Canidae&p=nucleotide&p=has_linkout

这个分类单元显示页默认情况下显示完整的沿袭：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonoomy/Browser/wwwtax.cgi？id=7229网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonoomy/Browser/wwwtax.cgi？id=7229

要仅显示缩写的沿袭，必须使用参数lin=秒:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi？id=7229&lin=s

如果您想显示NCBI分类浏览器搜索页面，你无法使用分类浏览器的url身份证件和名称参数（但您可以为用户预设其他参数）：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi？p=structure&p=nucleotide&lvl=2

很少有参数是过时的，只为了与旧版本的Taxonomy Browser兼容而保留下来。它们打开和关闭一些Entrez序列计数器的显示：

Entrez数据库	参数名称
核苷酸	核
蛋白质	保护
结构	结构
基因组	基因组

给定值1，这些参数将打开计数器的显示，而值0将关闭计数器。

这些参数可以任意组合：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwax.cgi？id=7215&struct=1&prot=1&lvl=2

以及与第页论据：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwax.cgi？id=7215&struct=1&prot=1&p=mapview&p=has_linkout&lvl=2