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双链断裂修复蛋白MRE11亚型1[智人]

蛋白质分类

双链断裂修复蛋白MRE11(域体系结构ID 1903556)

双链断裂修复蛋白MRE11是MRN复合体的组成部分,在双链断裂(DSB)修复、DNA重组、维持端粒完整性和减数分裂中起着重要作用

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mre11超级家族 第44331条
DNA修复蛋白(mre11);这个家族中功能已知的所有蛋白质都是。。。
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DNA修复蛋白(mre11);这个家族中功能已知的所有蛋白质都是由包括MRE11和RAD50同源物在内的多种蛋白质组成的核酸酶复合物的亚单位。这种核酸酶复合物的功能包括重组修复和非同源末端连接。该家族基于JA Eisen的系统发育分析(1999年,斯坦福大学博士论文)。该家族中的蛋白质与细菌SbcCD复合体中的蛋白质有远亲关系。[DNA代谢、DNA复制、重组和修复]


检测到与超家族成员的实际对齐钨极氩弧焊00583:

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DNA修复蛋白(mre11);这个家族中功能已知的所有蛋白质都是。。。
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DNA修复蛋白(mre11);这个家族中功能已知的所有蛋白质都是由包括MRE11和RAD50同源物在内的多种蛋白质组成的核酸酶复合物的亚单位。这种核酸酶复合物的功能包括重组修复和非同源末端连接。这个家族是基于JA Eisen的系统发育分析(1999年,斯坦福大学博士论文)。这个家族中的蛋白质与细菌的SbcCD复合体中的蛋白质有着遥远的联系


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MPP_Mre11_N cd00840
Mre11核酸酶,N-末端金属磷酸酶结构域;Mre11(在大肠杆菌中也称为SbcD)。。。
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Mre11核酸酶,N-末端金属磷酸酶结构域;Mre11(在大肠杆菌中也称为SbcD)是MRX蛋白复合物的一个亚单位。该复合物包括:Mre11、Rad50和Xrs2/Nbs1,并在真核生物中的几个核过程中发挥重要作用,包括DNA双链断裂修复、端粒长度维持、细胞周期检查点控制和减数分裂重组。在双链断裂修复过程中,MRX复合体需要将断裂染色体的两端保持在一起。体外研究表明,Mre11在dsDNA模板上具有3'-5'核酸外切酶活性,在dsDNA和ssDNA模板上具有核酸内切酶活性。除了N末端磷酸酶结构域外,该家族的真核生物MRE11成员还有一个C末端DNA结合结构域(不包括在该比对模型中)。MRE11样蛋白存在于原核生物和古生菌中,也存在于真核生物中。Mre11属于金属磷酸酶(MPP)超家族。MPP功能多样,但都共享一个保守的结构域,该结构域具有由两个金属离子(通常为锰、铁或锌)组成的活性位点,通过组氨酸、天冬氨酸和天冬酰胺残基笼与八面体几何结构相协调。MPP超家族包括:Mre11/SbcD-like核酸外切酶、Dbr1-like RNA lariat脱支酶、YfcE-like磷酸二酯酶、紫色酸性磷酸酶(PAPs)、YbbF-like UDP-2,3-二烷基葡萄糖胺水解酶和酸性鞘磷脂酶(ASMases)。保守结构域是一个双β-板三明治,其双金属活性位点由位于板的C末端侧的残基组成。该领域被认为允许生产金属配位。


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Mre11_DNA_绑定 pfam04152型
Mre11 DNA结合推定结构域;Mre11复合物是一种多亚单位核酸酶,是。。。
294-461 5.68电子-63

Mre11 DNA结合推定结构域;Mre11复合物是一种多亚单位核酸酶,由Mre11、Rad50和Nbs1/Xrs2组成,参与检查点信号和DNA复制。Mre11具有内在的DNA结合活性,由Rad50单独或与Nbs1结合刺激。


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吉5031923    366RV汽车D类Y(Y)S公司GGFE公司PFSVL公司射频S公司K(K)FV公司D类RVANP公司K(K)D类IIH公司F类F类R(右)HREQKE公司K(K)TGEEINFGK公司----L(左)ITK公司P(P)SEGTT公司LRVEDLVK公司Y(Y)FQTA公司e(电子) 441
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SbcD公司 齿轮0420
DNA修复外切酶SbcCD核酸酶亚基[复制、重组和修复];
13-308 1.64e-21

DNA修复外切酶SbcCD核酸酶亚基[复制、重组和修复];


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DNA修复蛋白(mre11);这个家族中功能已知的所有蛋白质都是。。。
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DNA修复蛋白(mre11);这个家族中功能已知的所有蛋白质都是由包括MRE11和RAD50同源物在内的多种蛋白质组成的核酸酶复合物的亚单位。这种核酸酶复合物的功能包括重组修复和非同源末端连接。该家族基于JA Eisen的系统发育分析(1999年,斯坦福大学博士论文)。这个家族中的蛋白质与细菌的SbcCD复合体中的蛋白质有着遥远的联系


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MPP_Mre11_N cd00840
Mre11核酸酶,N-末端金属磷酸酶结构域;Mre11(在大肠杆菌中也称为SbcD)。。。
14-275 8.54e-64页

Mre11核酸酶,N-末端金属磷酸酶结构域;Mre11(在大肠杆菌中也称为SbcD)是MRX蛋白复合物的一个亚单位。该复合物包括:Mre11、Rad50和Xrs2/Nbs1,并在真核生物中的几个核过程中发挥重要作用,包括DNA双链断裂修复、端粒长度维持、细胞周期检查点控制和减数分裂重组。在双链断裂修复过程中,需要MRX复合物将断裂染色体的两端固定在一起。体外研究表明,Mre11在dsDNA模板上具有3’-5’外切酶活性,在dsDNA和ssDNA模板上有内切酶活性。除了N末端磷酸酶结构域外,该家族的真核生物MRE11成员还有一个C末端DNA结合结构域(不包括在该比对模型中)。MRE11样蛋白存在于原核生物和古生菌中,也存在于真核生物中。Mre11属于金属磷酸酶(MPP)超家族。MPP功能多样,但都共享一个保守的结构域,该结构域具有由两个金属离子(通常为锰、铁或锌)组成的活性位点,通过组氨酸、天冬氨酸和天冬酰胺残基笼与八面体几何结构相协调。MPP超家族包括:Mre11/SbcD-like核酸外切酶、Dbr1-like RNA lariat脱支酶、YfcE-like磷酸二酯酶、紫色酸性磷酸酶(PAPs)、YbbF-like UDP-2,3-二烷基葡萄糖胺水解酶和酸性鞘磷脂酶(ASMases)。保守结构域是一个双β-板三明治,其双金属活性位点由位于板的C末端侧的残基组成。该领域被认为允许生产金属配位。


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Mre11_DNA_绑定 pfam04152型
Mre11 DNA结合推定结构域;Mre11复合物是一种多亚单位核酸酶,是。。。
294-461 5.68e-63页

Mre11 DNA结合推定结构域;Mre11复合物是一种多亚单位核酸酶,由Mre11、Rad50和Nbs1/Xrs2组成,参与检查点信号和DNA复制。Mre11具有内在的DNA结合活性,由Rad50单独或与Nbs1结合刺激。


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DNA修复外切酶SbcCD核酸酶亚单位[复制、重组和修复];
13-308 1.64e-21

DNA修复外切酶SbcCD核酸酶亚基[复制、重组和修复];


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CpdA公司 COG1409公司
3',5'-环AMP磷酸二酯酶CpdA[信号转导机制];
13-277 2.86e-08

3',5'-环AMP磷酸二酯酶CpdA[信号转导机制];


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MPP_YkuE_C公司 cd07385
枯草芽孢杆菌YkuE及其相关蛋白、C末端金属磷酸酶结构域;YkuE是一个。。。
13-247 1.56e-07年

枯草芽孢杆菌YkuE及其相关蛋白、C末端金属磷酸酶结构域;YkuE是一种未经特征化的枯草芽孢杆菌蛋白,具有C末端金属磷酸酶结构域和N末端双精氨酸(RR)基序。来自枯草芽孢杆菌YkuE蛋白的RR-信号肽可以直接在青链霉菌中分泌依赖Tat的琼脂酶。这表明YkuE是通过枯草芽孢杆菌Tat(双精氨酸易位)途径机制转运的。YkuE属于金属磷酸酶(MPP)超家族。MPP功能多样,但都共享一个保守的结构域,该结构域具有由两个金属离子(通常为锰、铁或锌)组成的活性位点,通过组氨酸、天冬氨酸和天冬酰胺残基笼与八面体几何结构相协调。MPP超家族包括:Mre11/SbcD-like核酸外切酶、Dbr1-like RNA lariat脱支酶、YfcE-like磷酸二酯酶、紫色酸性磷酸酶(PAPs)、YbbF-like UDP-2,3-二烷基葡萄糖胺水解酶和酸性鞘磷脂酶(ASMases)。保守结构域是一个双β-板三明治,其双金属活性位点由位于板的C末端侧的残基组成。该领域被认为允许生产金属配位。


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吉5031923  245H(H)E类H(H) 247
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YaeI公司 COG1408公司
预测磷酸水解酶,MPP超家族[仅限一般功能预测];
13-247 3.21e-07日

预测磷酸水解酶,MPP超家族[仅限一般功能预测];


Pssm-ID:441018[多域]Cd长度:268  比特分数:52.49  E值:3.21e-07日
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抄送:COG1408 101------------------------L(左)KAPLG公司V(V)YAVL公司GNHD公司G公司L(左)--澳大利亚皇家空军L(左)电气工程师AG公司VRVLRNEA公司----------V(V)T型L(左)急诊室 144
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吉5031923  172G公司STKIA公司L(左)Y(Y)G公司LG公司D类ERLY公司R(右)MFVNK公司K(K)VTMLR(VTMLR)P(P)KED公司ensw公司FNLFVI公司H(H)nrskhgstnfi公司P(P)---当量流量DL公司VIW公司GH公司E类H(H) 247
抄送:COG1408 145G公司GDRLN公司L(左)一个G公司虚拟磁盘---D类PHAG公司R(右)FPDLE公司K(K)ALAGV公司P(P)个人数字助理----普利拉H(H)N个-----------P(P)数字视频流DEAAAAAGV公司DL公司QLS公司GH公司T型H(H) 205
COG2129公司 COG2129公司
预测的磷酸酯酶,与Icc蛋白相关[仅限一般功能预测];
14-293 2007年4月4日

预测的磷酸酯酶,与Icc蛋白相关[仅限一般功能预测];


Pssm-ID:441732[多域]Cd长度:211  比特分数:51.17  E值:2007年4月4日
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抄送:COG2129 1KIL(基尔)AVS公司D类L(左)H(H)GN(通用)F类DL公司------------L(左)EKL公司L(左)E类洛杉矶RAEDA公司D类LVI公司L(左)一个GDL公司---------T型DFGTA公司E类每个R(右)电动汽车--------L(左)E类E类 51
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吉5031923  94L(左)标准偏差qsvnfgfskfpwvnyqdgnln公司ISI公司光伏FSIH公司GNHDDP公司T型加达尔克一个劳埃德L(左)SCA公司G公司FV公司N个高频希腊SMSVEKID公司spvll千克 173
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吉5031923  174tkial公司Y(Y)GLG公司---P(P)DERL公司Y(Y)风险管理基金---VNKKVTM公司左后P(P)K(K)E类密集FNLFVI公司H(H)-----------QNRSKH公司GS公司TNF公司知识产权EQFLDD公司 236
抄送:COG2129 96-----一个GLG公司GS公司rpt公司P(P)FGTP公司Y(Y)眼睛电子工程师IEERLAK公司左后E类K(K)D类-----VDILLT公司H(H)appygttldrv(批准)EDGPHV公司GS公司KAL公司--救济 163
250       260       270       280       290
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吉5031923  237F类-身份证低压信息战GH公司E类高等教育C类kiaptkneqql公司FYISQP公司G公司小型蒸汽发生器V(V)ts秒LS(负载感应)PG公司EAVKKHVG公司L(左)LRIKG公司R(右)K(K) 293
邮编:COG2129 164F类q个PK(主键)低压左侧GH公司高等教育S公司-----------RGVDKI公司G公司全球技术法规V(V)--越南PG公司斯莱盖亚L(左)IDLED指示灯R(右)S公司 208
金属磷 pfam00149型
钙调磷酸酶;这个家族包括多种磷酸酯酶。。。
13-131 1.73e-06年

钙神经磷酸酶样磷酸酯酶;该家族包括多种磷酸酯酶,包括蛋白磷酸丝氨酸磷酸酶、核苷酸酶、鞘磷脂磷酸二酯酶和2’-3’cAMP磷酸二酯酶类以及核酸酶,如细菌SbcD或酵母MRE11。这个超家族中最保守的区域以金属螯合残基为中心。


Pssm-ID:459691[多域]Cd长度:114  比特分数:47.21  E值:1.73e-06年
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吉5031923    13FK公司ILV公司自动变速箱D类HL公司G公司fmekdavrgn公司DTFVT公司L(左)D类E类L(左)R(右)-L(左)逆商E类新能源汽车D类金融机构L(左)LG公司GDL公司FHENK公司PS(聚苯乙烯)rktl公司HTC公司LELL公司韩国ycmgdrpvqf公司 91
编号:pfam00149 1先生ILV公司免疫球蛋白D类L(左)HL公司P(P)----------吉尔吉斯斯坦共和国L(左)L(左)E类L(左)L(左)K(K)k个L(左)LE公司E类GKP公司D类低压L(左)GDL公司VDRGP公司PS(聚苯乙烯)----电动汽车LELL公司急诊室---------- 56
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吉5031923    92eilsdqsvnfgfskfpwvnyqdgn公司L(左)NISI公司光伏FSIH公司GNHD公司D类 131
抄送:pfam00149 57------------------------L(左)IKYV公司光伏YLVR公司GNHD公司F类 72
 
爆破搜索参数
数据来源: 预计算数据,版本=cdd.v.3.21
预设选项:数据库:CDSEARCH/光盘低复杂性过滤器:没有基于成分的调整:是的E值阈值: 0.01

参考文献:

  • 王杰等(2023),“2023年的保守域数据库”,核酸研究51(D) 公元384-388年。
  • Lu S等人(2020),“2020年的保守域数据库”,核酸研究48(D) 265-8。
  • Marchler-Bauer A等人(2017),“CDD/SPARCLE:通过亚家族结构域对蛋白质进行功能分类。”,核酸研究45(D) 2003年3月。
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