什么是NCBI工具箱? |
NCBI内部以各种最适合数据流的方式存储数据及其语义。这些可能包括规范化关系数据库(例如用于EST)、ASN.1(例如用于其他类型的序列)或XML(例如用于期刊文章)。NCBI还分发以多种格式(例如GenBank、FASTA、ASN.1和XML)保存相同的数据,无论如何它们是本地存储的。对于人类β-珠蛋白基因座的特定核苷酸序列,选项如下: 工具箱模型和代码在NCBI中广泛用于内部管道以及GenBank、Entrez、BLAST、Sequin、OMIM、RefSeq等工具。我们制造无论社区出于什么目的,公共领域都可以使用相同的工具可能有欲望。支持这些工具的意义在于,它们被设计用于NCBI之外的许多环境,因此我们认为可以修复任何错误或回答关于使用它们的问题。不幸的是,它们在某种意义上不受支持包含大量文档的交钥匙系统。但是,已经设置了应用程序在发行版中使用标准makefile,例如Sequin、BLAST,一个要转换的程序ASN.1数据转换为XML等。但这种分布主要是针对严重程序员。
XML格式的NCBI数据 |
NCBI软件工具现在可以自动生成ASN.1格式的数据,或XML格式。这使开发人员能够访问完整的内部NCBI数据集使用各种开源工具。此外,一些规范已开发用于以XML形式呈现更简单的数据视图,特别是供NCBI以外的应用程序开发人员使用。Entrez可以显示和下载XML格式的数据和一个独立的工具asn2xml可以转换ASN.1每日更新文件转换为XML。更多。。 |
联系我们 |
此页上的信息可供工具箱程序员使用。此外,你可以通过电子邮件向toolbox@ncbi.nlm.nih.gov. 免责声明 隐私声明
2003年5月8日修订
|