|
CCDS Release 23-鼠标更新 2019年10月24日 GRCm38.p6参考基因组的NCBI和Ensembl/Havana注释（组装GCF_000001635.26号分析了NCBI注释版本108和Ensembl注释版本98），以确定一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此次更新增加了1570个新的CCDS ID，并将175个基因添加到小鼠CCDS集合中。CCDS Release 23共包含27219个CCDS ID，对应于20486个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
CCDS Release 22-人类更新 2018年6月14日 GRCh38.p12参考基因组的NCBI和Ensembl/Havana注释（组装GCF_000001405.38号，NCBI注释版本109，Ensembl注释版本92），以识别一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此更新增加了894个新的CCDS ID，并将128个基因添加到人类CCDS集合中。CCDS Release 22共包含33397个CCDS ID，对应于19033个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
指向地图查看器的链接 2017年11月16日地图查看器最近宣布它正在退役。与此更改一起，CCDS中到Map Viewer的链接也将被删除。要获得类似的功能，请单击 从CCDS链接到NCBI核苷酸，然后单击以下链接绘图或美国金融服务贸易协会根据需要。
CCDS Release 21-鼠标更新 2016年12月8日 GRCm38.p4参考基因组的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释GCF_000001635.24号分析了NCBI注释版本106和Ensembl注释版本86），以确定一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此次更新增加了938个新的CCDS ID，并将137个基因添加到小鼠CCDS集合中。CCDS Release 21共包含25757个CCDS ID，对应于20354个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
CCDS审查状态 2016年10月6日 所有当前CCDS ID现在在完整报告页面上标识为检验过的或临时的取决于RefSeq、哈瓦那或CCDS合作小组是否对其进行了审查。A类检验过的状态表示CCDS ID已经接受了单个注释组（RefSeq和Havana）的审查，或CCDS协作的所有成员的联合审查，或这些选项的组合审查。A类临时的状态表明CCDS ID尚未审查到该程度。
CCDS Release 20-人类更新 2016年9月8日 GRCh38参考基因组（组装）的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释GCF_000001405.33号，NCBI注释版本108，Ensembl注释版本85），以识别一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 这次更新增加了1158个新的CCDS ID，并在人类CCDS集合中增加了98个基因。CCDS Release 20包括总共32524个CCDS ID，这些ID对应于18892个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
CCDS Release 19-鼠标更新 2015年7月30日 GRCm38参考基因组的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释GCF_000001635.23号分析了NCBI注释版本105和Ensembl注释版本81），以确定一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此更新添加了1003个新CCDS ID，并将148个基因添加到鼠标CCDS集合中。CCDS Release 19共包含24834个CCDS ID，对应于20215个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
CCDS Release 18-人类更新 2015年5月12日 GRCh38参考基因组（组装）的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释GCF_000001405.28号分析了NCBI注释版本107和Ensembl注释版本79），以确定一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此更新添加了808个新的CCDS ID，并将86个基因添加到人类CCDS集合中。CCDS Release 18共包含31371个CCDS ID，对应于18826个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
组合注释的新显示 2014年11月5日 针对人和鼠标的当前CCDS版本已经更新，显示了使用NCBI序列查看器工具的组合NCBI和Ensembl注释。可以使用 将显示在搜索结果和CCDS报告页面上的链接。（请参见例子.) 序列查看器内容是高度可配置的。请参阅https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/sviewer获取如何使用序列查看器的完整说明。
CCDS Release 17-人类更新 2014年8月7日 GRCh38参考基因组（组装）的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释GCF_000001405.26号，NCBI注释版本106，Ensembl注释版本76），以识别一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 这次更新增加了1871个新的CCDS ID，并在人类CCDS集合中增加了195个基因。CCDS Release 17共包含30499个CCDS ID，对应于18800个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
CCDS治疗指南更新 2014年5月22日 CCDS合作更新了策展指南文件可在本网站左侧的蓝色侧栏中找到。更新的文档包括对我们考虑替代框架内翻译起始站点的指南的更新。此外，增加了非传感介导的mRNA衰变（NMD）表示、通读基因表示和推断外显子组合表示的指南。定义部分也已展开。
其他合作伙伴-HGNC和MGI 2014年5月7日 CCDS项目欢迎我们的最新成员，HUGO基因命名委员会（HGNC）和小鼠基因组信息学小组（MGI），他们将分别对人类和小鼠蛋白编码基因注释进行策展审查。
CCDS Release 16-鼠标更新 2014年4月7日 小鼠参考基因组的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释GCF_000001635.22号分析了NCBI注释版本104和Ensembl注释版本75），以确定一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此更新添加了803个新的CCDS ID，并将97个基因添加到鼠标CCDS集合中。CCDS Release 16共包含23880个CCDS ID，对应于20079个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
报告与UniProtKB/SwissProt蛋白质的匹配 2014年1月9日 CCDS Report页面现在在Sequence ID部分包含相关UniProtKB/SwissProt蛋白质表。目前报道的匹配是通过鉴定衍生自相同剪接模式并具有相同末端的蛋白质来确定的。 这些匹配也会在CCDS上名为CCDS2UniProtKB的新文件中报告FTP站点。
CCDS Release 15-人类更新 2013年11月29日 人类参考基因组的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释GCF_000001405.25号分析了NCBI注释版本105和Ensembl注释版本74），以确定一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此次更新增加了349个新的CCDS ID，并将12个基因添加到人类CCDS集合中。CCDS Release 15共包含29045个CCDS ID，对应18683个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
CCDS发布14-人类更新 2013年10月24日 人类参考基因组的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释GCF_000001405.25号分析了NCBI注释版本105和Ensembl注释版本73），以确定一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此次更新增加了978个新的CCDS ID，并将74个基因添加到人类CCDS集合中。CCDS Release 14共包含28694个CCDS ID，对应于18673个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
CCDS属性的新报告 2013年8月12日 CCDS属性的新报告已添加到CCDSFTP站点。与其他CCDS FTP文件一样，有单独的人和鼠标报告，文件每周更新一次。该文件的最新版本名为CCDS_attributes.current.txt。 目前，有六种属性类别被报告： - CDS使用下游AUG
- 含硒半胱氨酸
- 推断外显子组合
- 非AUG起始密码子
- 非传感介导衰变（NMD）候选
- 核糖体滑移（平移移码）
CCDS Release 13-鼠标更新 2013年8月5日 小鼠参考基因组的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释GCF_000001635.21号分析了NCBI注释版本103和Ensembl注释版本72），以确定一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此更新添加了96个新的CCDS ID，并将61个基因添加到鼠标CCDS集合中。CCDS Release 13共包含23093个CCDS ID，对应于19988个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
CCDS Release 12-人类更新 2013年4月30日 人类参考基因组的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释GCF_000001405.22号，NCBI注释版本104，Ensembl注释版本71），以识别一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 这次更新增加了302个新的CCDS ID，并在人类CCDS集合中增加了79个基因。CCDS Release 12共包含27752个CCDS ID，对应18606个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
添加到CCDS报告页面的属性部分 2013年2月13日 我们现在正在CCDS报告页面的新属性部分中报告有关带注释的CDS或支持证据的一些附加信息。初始数据发布包括三个属性类别：
CCDS第11版发布供人类使用 2012年10月25日 人类参考基因组的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释合同通用条款000001405.21分析了NCBI注释版本103和Ensembl注释版本68），以确定一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此次更新增加了1138个新的CCDS ID，恢复了2个先前撤回的CCDS IDs，并将93个基因添加到人类CCDS集合中。CCDS Release 11共包含27511个CCDS ID，对应于18535个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
CCDS网站更新 2012年10月18日 CCDS网站已经做了一些更改，包括搜索结果和CCDS报告页面。 构建术语 正如今年7月宣布的建造已被术语取代注释发布。 报告注释版本 显示器已更新，以报告NCBI和Ensembl的注释版本号。 报告CCDS发布 每个CCDS版本都分配了一个版本号，现在正在报告。 报告程序集信息 CCDS报告页面现在在“染色体位置”部分包含参考基因组组装名称和附加版本号。同样在本节中，添加了基因组浏览器链接（蓝色“N”图标），以支持导航到NCBI核苷酸中CDS整个基因组范围的图形报告。
已发布鼠标CCDS更新 2012年8月14日 小鼠参考基因组的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释（NCBI汇编ID通用条款F_000001635.20分析了NCBI注释版本38.1和Ensembl注释版本68），以确定一致注释的附加编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此次更新增加了958个新的CCDS ID，恢复了1个以前提取的CCDS标识，并将506个基因添加到了小鼠CCDS集合中。鼠标构建38.1共包含23027个CCDS ID，对应于19945个GeneID。请参阅发布和统计报告以获取详细信息。
CCDS发布报告 2012年7月12日 CCDS中的BuildInfo文件文件传输协议网站正在更新，以添加有关CCDS版本的其他信息。此文件包含NCBI分类ID和NCBI内部版本号和版本。此文件的新布局添加了五列，并反映了NCBI内部版本号的新样式： | 税务id | NCBI分类标识符 |
|---|
| ncbi释放编号 | NCBI内部版本号和版本（当前；例如“37.3”）
NCBI注释版本号（未来；例如“103”） |
|---|
| 信号群释放编号 | 信号群发布编号 |
|---|
| 程序集名称 | 此CCDS版本所基于的程序集的短名称 |
|---|
| 组件_id | 程序集加入和版本 |
|---|
| ccds释放编号 | CCDS发布号 |
|---|
| 发布日期 | CCDS发布公开的日期，格式为YYYYMMDD |
|---|
CCDS版本及其版本号的完整报告可以通过单击发布和统计左侧边栏上的链接。
按NCBI GI搜索 2012年5月10日 在CCDS中搜索NCBI序列时核苷酸ID或蛋白质ID，您现在可以指定GI或更通用的登录标识符。由于为任何序列更改提供了新的GI标识符，因此添加此查询支持有助于快速识别与特定序列关联的CCDS ID和版本。
CCDS人为更新发布 2011年9月7日 对人类参考基因组（NCBI构建37.3）的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释进行分析，以确定一致注释的其他编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此次更新增加了972个新的CCDS ID，恢复了2个先前撤回的CCDS IDs，并将91个基因添加到人类CCDS集合中。人类体型37.3包括总共26473个CCDS ID，对应于18471个GeneID。请参阅统计学报告以获取详细信息。
CCDS人为更新发布 2011年4月22日 对人类参考基因组（NCBI构建37.2）的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释进行分析，以确定一致注释的其他编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此次更新增加了2126个新的CCDS ID，恢复了13个先前撤回的CCDS IDs，并将365个基因添加到人类CCDS集合中。人类构建37.2包括总共25564个CCDS ID，对应于18409个GeneID。请参阅统计学报告以获取详细信息。
已发布鼠标CCDS更新 2011年1月24日 对小鼠参考基因组（NCBI构建37.2）的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释进行分析，以确定一致注释的其他编码序列（CDS）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP站点并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上提供。 此更新包括添加4561个新CCDS ID，并将2685个基因添加到鼠标CCDS集合中。小鼠构建37.2包括总共22187个CCDS ID，对应于19509个基因ID。请参阅统计学报告以获取详细信息。
外显子的新FTP报告 2010年11月9日 CDS外显子的两个新报告可从CCDS FTP网站获得。 第一份报告名为CCDS_exons.txt，是外显子的表格报告，其中包括残基数和相位信息，可用于识别剪接连接处编码的氨基酸。 第二份报告名为CCDS_protein_exons.faa.gz，是一个压缩文件，其中包含FASTA格式的每个外显子序列的报告。 有关这些文件的完整描述，请参阅自述文件FTP站点上的文件。
FTP文件名更改 2010年11月9日 如FTP站点上的README文件所述，名为CCDS_protein.fna.gz的蛋白质FASTA FTP文件已重命名为CCDS_protein.5aa.gz，以准确描述其内容。
每周FTP更新 2009年12月14日 FTP站点，可以从文件传输协议链接，在公开CCDS构建时报告CCDS和序列信息。该网站现在每周更新CCDS的最新信息，并将包括原始报告和当前报告。可以通过文件名中的日期戳（YYYYMMDD格式）来标识构建公开时的原始报告，而当前报告将包含单词现在的在文件名中。CCDS摘要信息（CCDS.txt）和CCDS序列信息（CCDS 2Sequence.txt）的当前报告每周都会更改，但其他报告（BuildInfo.txt、CCDS_nucleotide.fna.gz和CCDS_protein.fna.gz）通常不会从一周更改到下一周。
PubMed链接 2009年10月22日 当CCDS有公共注释时，该注释通常会提到一个或多个PubMed标识符（PMID）。这些标识符现在通过超链接直接链接到PubMed。只需单击CCDS注释文本中的PMID，它就会将您带到PubMed中发布的记录。
翻译例外 2009年10月22日 这个CCDS序列数据CCDS报告页面的部分已经更新，以显示基因组序列的翻译与实际蛋白质序列不同的情况下的翻译例外。报告包括翻译后的符号、实际符号以及异常发生的序列中的位置。当您单击文本中的替换符号时，相应的位置在核苷酸序列和下面的翻译中高亮显示。有关示例，请参阅CCDS 192。
发布的更新：人类 2009年9月2日 CCDS发布了人类基因组完整注释后的人类更新。此更新添加了3852个CCDS ID，对应于1300个GeneID。请参阅统计报告以获取更多信息。
CCDS治疗指南 2009年4月15日 CCDS合作制定了编码序列区域（CDS）注释的管理指南。这些指导原则包括考虑5'UTR中的备用帧内翻译起始站点和备用开放阅读框架。CCDS指南（PDF）
历史报告更新 2008年9月2日 历史报告已更新，以显示每个NCBI构建中每个CCDS标识符的配置。此信息可用于跟踪标识符及其随时间变化的状态。处置类别包括： | 公开 | 指示CCDS标识符首次公开时的NCBI构建 | | | | 撤回 | 指示何时从CCDS中提取标识符 | | | | 保留 | 指示CCDS标识符和版本已从上一个NCBI版本转移到下一个版本，没有版本增量，指示注释保持稳定 | | | | 已更新 | 表示CCDS标识符是从先前的NCBI构建中继承过来的，CCDS版本增加，表示注释更改 | | | | 部分匹配 | 指示此生成中NCBI和Ensembl注释之间仅部分匹配 | | | | 撤回，注释不一致：无匹配 | 表示在NCBI和Ensembl注释之间找不到此CDS的匹配项 | | | |
| | | 审查中，撤回：无匹配项 | 表示在NCBI和Ensembl注释之间找不到此CDS的匹配项。然而，CCDS已经在讨论撤回，这表明丢失反映了异步注释更新。 | | | | 已恢复 | 指示以前部分匹配或不匹配的CCDS标识符何时恢复为完全匹配。恢复还可能包括CCDS版本更改。 |
以CCDS 38为例，历史记录显示，CCDS 38.1在NCBI构建35.1中公开，在构建36.2中保留，并在构建36.3中更新为CCDS 38.2。 对于CCDS 714，历史表明，CCDS 714.1在NCBI构建35.1中公开，在构建36.2中是部分匹配，并在构建36.3中恢复为完全匹配。
CCDS公开说明可用： 2008年7月9日 根据NCBI、UCSC和WTSI/EBI小组的一致同意，CCDS公共注释现在可用于最近更新或撤销的CCDS ID。将前瞻性地添加公共注释，但不会针对以前的更改全面添加。这些注释的目的是向用户解释特定CCDS更新或撤销的原因，和/或解释更复杂情况下的表示选择。公共注释可以在序列ID表上方的报告中找到，用于最近发生表示更改的给定CCDS ID。例如，请参阅CCDS ID 7726.2。
针对人类发布的CCDS更新： 2008年5月1日 对人类参考基因组（NCBI构建36.3）的NCBI、Ensembl和Sanger（哈瓦那）注释进行分析，以确定一致注释的其他编码序列（CDS）。根据匹配注释的重新标识跟踪现有CCDS ID（异步CCDS协作更新的完全匹配和部分匹配）。CCDS数据可在CCDS网站和FTP网站上获得，并将根据每个浏览器的更新周期在合作者的基因组和/或基因浏览器网站上获得。 此更新包括添加2151个新CCDS ID，并将1249个基因添加到人类CCDS集合中。人类体格36.3包括总共20159个CCDS ID，对应17052个基因ID。请参阅统计学报告以获取详细信息。
按生成搜索 2007年2月26日 默认情况下，在CCDS数据库中的搜索将只包括当前版本。要在搜索中包含以前生成的数据，请将搜索选择更改为当前生成到所有生成。
按序列ID重新查询 2007年1月10日 查看CCDS的序列ID时，您可以通过分别单击红色的“N”或“P”图标，通过核苷酸ID或蛋白质ID重新查询CCDS数据库。这两个新图标位于CCDS序列ID表中显示的每个序列ID的链接列中。
增强了搜索功能 2006年11月8日 一个名为全部已添加到“搜索”框中。此选项现在是默认选项，而不是基因符号. The全部搜索根据输入的搜索词推断要执行的搜索类型，从而无需选择搜索类型： - 如果输入的搜索词是数字标识符，或前面有“CCDS”的数字标识符，则按CCDS ID执行搜索。
- 如果输入的搜索词似乎是核苷酸或蛋白质标识符，则分别按核苷酸ID或蛋白质ID执行搜索。
- 如果以上都不正确，则执行基因符号搜索。
如果要执行特定类型的搜索，现有的搜索类型选择仍然可用。
|
