主执行引用用法：operationMain。米
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=====演示1：组合基序发现=======
[演示a]：基于样本的主题查找
usage_MotifFinding.m%模式1
usage_MotifFinding_MemConstrained版本。米
【演示b】：概率母题发现
usage_MotifFinding.m%模式2
usage_MotifFinding_MemConstrained版本。米
-设置模式[1用于基于样本的基序查找；2用于概率基序查找]
目的是说明组合母题的发现。
*警告：建议使用usage_MotifFinding_MemConstrainedVersion.m，因为它满足了内存限制。
例如，k=9，有262144，即4^9，要测试的排列。这使得计算机在超过25万次运行时很容易耗尽内存。
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[演示2]:Viterbi Probalisitic
usage_ViterbiLikeProbabilisicMotif查找。米
目的是说明Viterbi Probalistic基序的发现。
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[演示3]：
usage_MotifFinding.m%模式[1用于基于样本的基序查找；2用于概率基序查找]
usage_MotifFinding_MemConstrained版本。米
targetFile=“outputFile_MotifLen7.txt”；
%targetFile=“outputFile_MotifLen11.txt”；
-要重新生成2个文件：outputFile_MotifLen7.txt和outputFile _ MotifLen11.txt
取消对以下行的注释。请注意，每一代生成不同的数据集。
%系统（'run_motifGen.jar.bat'）；
-设置模式[1用于基于样本的基序查找；2用于Probalistic基序查找]
*注意事项：
-由于Matlab Central上不允许使用jar文件，如果需要，请向作者发送电子邮件请求。
-k=11的限制。排列本身可能会耗尽内存。
例外示例：
处理图案图案候选#9634
??? 内存不足。键入HELP MEMORY作为选项。
60时==>usage_sampleBasedMotifFinding中出错
hammingDistScore（j，1:待计算的hammingScores数量，i）=
根据1序列（seqUsed，
patternUsed）；
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*警告：发件人的电子邮件必须是gmail帐户才能通过电子邮件发送结果。
当k=9时，耗尽模式可能需要约2小时。
对于自动结果电子邮件，请在所述文件中提供以下参数：
senderMail='_____@gmail.com网站';
密码=“_______”；
recipientEmails='____@_____';
----------用法_注释。M（M）
----------用法_MOTIFINDING_MEMCONSTRAINEDVERSION。M（M）
----------用法_VITERBILIKEPROBABILISCMOTIFFINDING。M（M）
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*警告：仅供教育参考。
如果参考演示有更优雅的演示，请毫不犹豫地向作者提出建议并发送反馈。
电子邮件：promethevx@yahoo.com。
谢谢您。
当做，
迈克尔·陈JT
