补丁扭曲（PatchWarp）

版本1.3.3.0（1.56 MB）由 龙马服部
图像处理管道，用于纠正神经元钙成像数据中的运动伪影和复杂图像失真。
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已更新2023年9月26日
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标志

PatchWarp是神经钙成像数据的图像处理管道。它可以纠正长时间成像过程中缓慢发生的复杂图像失真。首先，管道通过迭代重新估计模板图像来执行刚性运动校正。然后，将成像字段划分为用户指定数量的子字段。基于梯度的算法独立地为每个子字段的每个帧找到最佳仿射变换矩阵，以纠正每个子字段跨时间的图像失真。畸变校正的子场像拼接一样缝合在一起，以重建畸变校正的整个成像场。PatchWarp还可以用于注册来自不同成像会话的图像，以进行纵向活动分析。

会话内图像扭曲的前（左）和后（右）PatchWarp扭曲校正

（2.25小时体内复杂畸变细胞体的双光子钙成像

（19分钟体内复杂畸变轴突的双光子钙成像。池仁形象奖。）

跨会话图像配准之前（左侧）和之后（右侧）PatchWarp

（稍后的成像会话（青色）已注册到较早的成像会话中（红色））

安装

从这个github存储库下载文件，并将所有文件添加到MATLAB路径。代码在MATLAB2023上无法正常工作。请使用旧版MATLAB。
**请注意，PatchWarp使用并行计算工具箱。需要安装工具箱才能运行PatchWarp代码。

如何使用

请检查示例演示文件。

对于会话内失真校正，请检查patchwarp_demo。米.
运行演示代码的示例数据可在https://doi.org/10.6084/m9图19212501.v1

对于跨会话图像注册，请检查patchwarp_across_sessions_demo。米.
运行演示代码的示例数据位于https://doi.org/10.6084/m9图19217421.v1

引用

预印本引用格式示例：

Zenodo的软件DOI：

引用为

服部、龙马和小宫山隆。PatchWarp：通过拼接仿射变换校正双光子钙成像数据中的非均匀图像畸变。bioRxiv，2021年11月，doi:10.1101/2021.11.10.468164。

MATLAB版本兼容性
使用创建2019b兰特
与任何版本兼容
平台兼容性
窗户 macOS操作系统 Linux操作系统
类别
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补丁扭曲（PatchWarp）

修补程序扭曲/utils

补丁扭曲/utils/Akinori_Mitani_motion_correct_files

补丁扭曲/utils/Akinori_Mitani_motion_correct_files/@BilinerImageRegistator

补丁扭曲/utils/Akinori_Mitani_motion_correct_files/@BilinerPyramidImageRegistator

补丁扭曲/utils/Akinori_Mitani_motion_correct_files/@CorrelationCalculator

补丁扭曲/utils/Akinori_Mitani_motion_correct_files/@ImageBase

补丁扭曲/utils/Akinori_Mitani_motion_correct_files/@ImageRegistator

补丁扭曲/utils/Akinori_Mitani_motion_correct_files/@ImageRegistratorPyramid

补丁扭曲/utils/Akinori_Mitani_motion_correct_files/@ImageWithMoment

PatchWarp/utils/Akinori_Mitani_motion_correct_files/@OpticalFlow图像寄存器

补丁扭曲/utils/Akinori_Mitani_motion_correct_files/@PyramidImageRegistator

PatchWarp/utils/ScanImageDiffReader

修补程序扭曲/utils/ecc_PatchWarp

版本 出版 发行说明
1.3.3.0

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v1.3.3
1.3.2.0

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v1.3.2
1.3.1

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v1.3.1
1.3.0

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v1.3.0
1.2.6

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v1.2.6
1.2.5

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v1.2.5
1.2.4

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v1.2.4
1.2.3

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v1.2.3
1.2.2

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v1.2.2
1.2.1

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v1.2.1
1.2.0

1.1.0.0

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v.1.0
1.0.1.0

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v1.0.1
1.0.0.0

请参阅GitHub上此版本的发行说明：https://github.com/ryhattori/PatchWarp/releases/tag/v.0.0
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