Hmdb装载机

HMDB简介

HMDB是一个关于小分子的详细数据库智人每个小分子条目都有关于性质、结构和生物学的广泛信息。每个小分子可以有一个或多个相关的酶和转运蛋白。下面是一个快速定义列表,帮助您开始。

代谢产物
通常低于1000兆瓦的天然分子。
任何能催化涉及小分子的化学反应的蛋白质。
运输工具
一种膜结合蛋白,将离子、小分子或大分子穿梭在膜上,进入细胞或从细胞中穿梭出来。

现场文件和来源

数据源表示每个字段中的信息来源。数据源并不表示所有源都用于特定领域和代谢物。单个代谢物参考信息可在每个代谢物的“一般参考”部分中找到。

字段 描述 来源
创建日期 创建条目的日期/时间
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更新日期 上次更新条目的日期/时间
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HMDB ID(主接入号码) 由4个字母前缀(HMDB)和5个数字后缀组成的唯一HMDB登录号。此ID用于通过URL访问代谢物条目。如果条目被删除,它的HMDB ID将不会被重用。
  • 自动
姓名 代谢物标准名称
描述 描述一般事实的代谢物描述。
王国 层次分类的第一级。有机无机
超级类 第二层次分类。具有相同超类的代谢物被认为结构相似。
等级 第三层次分类。代谢物类别是分类系统的主要组成部分。具有相同超类的代谢物被认为结构相似。
子类 第四层次分类。具有相同类别的代谢物被认为结构相似。
取代基 第五层次分类。代谢物官能团和亚结构。
直接母公司 分类法中的直接父类是一个化学实体可以归属的最具描述性的化学类别。它是通过考虑生物分子的最大子结构(表征给定化学类别)和最具描叙性的属性而生成的。
同义词 代谢物的替代名称
化学IUPAC名称 代谢物的IUPAC或标准化学名称
传统IUPAC名称 代谢物的传统IUPAC或标准化学名称
化学配方 描述原子或元素组成的化学公式
正式费用 分子形式电荷
平均分子量 分子量(g/mol),由分子式或序列确定
单同位素分子量 分子中原子的质量总和,使用未结合的、基态的、主要(最丰富的)同位素的静止质量而不是同位素平均质量。
结构 2D化学结构包括以各种格式下载和查看结构的链接。
微笑 对应代谢物结构的异构SMILES字符串
InChI公司 标准InChI标识符
InChI钥匙 标准InChI钥匙
CAS注册号 化学文摘社识别号
KEGG化合物ID 京都基因和基因组百科全书复合识别号(如果分子位于KEGG中)
PubChem化合物ID NCBI的PubChem数据库化合物识别号
ChemSpider ID(化学蜘蛛ID) ChemSpider识别号
ChEBI ID EBI生物感兴趣化学品识别号(如果代谢产物在ChEBI中)
维基百科链接 指定代谢物的维基百科条目链接(如果存在)
苯酚探测仪ID 苯酚探索者识别号
药品银行ID DrugBank标识号
KNApSAcK标识 DrugBank标识号
OMIM ID(OMIM标识) OMIM标识号
后基因ID 元基因识别号
物理状态(固体、液体、气体)
熔点 熔点(固体)或沸点(液体),单位为摄氏度
实验水溶解度 水溶性(mg/mL或g/L)
预测水溶解度 预测水溶性(mg/mL)
实验LogP/疏水性 水/辛醇分配系数(如果是小分子)或疏水性得分(肉汁得分)(如果是蛋白质/肽)
预测对数P/疏水性 预测水/辛醇分配系数
预测日志S 预测LogS(水溶性)
实验日志S 实验LogS(水溶性)
pKa公司 解离常数(pKa)
实验QqQ MS/MS光谱
实验1核磁共振波谱
实验13C核磁共振波谱 实验图片13C核磁共振
实验13C HSQC光谱 实验图片13C核磁共振
实验2D TOCSY光谱 实验二维TOCSY光谱图像
预测1核磁共振波谱 预测的图像1核磁共振波谱
预测13C核磁共振波谱 实验图片13C核磁共振波谱
生物样本位置
纸巾位置
正常代谢物浓度(尿液) 尿液中的代谢物浓度
正常代谢物浓度(血浆) 血浆中的代谢物浓度
正常代谢产物浓度(CSF) 脑脊液中的代谢物浓度
正常代谢物浓度(细胞) 细胞中的代谢物浓度
正常代谢物浓度(其他) 其他牛油中的代谢物浓度
相关疾病
代谢产物浓度异常(尿液) 尿液中的代谢物浓度
代谢产物浓度异常(血浆) 血浆中的代谢物浓度
代谢产物浓度异常(CSF) 脑脊液中的代谢物浓度
代谢产物浓度异常(细胞) 细胞中的代谢物浓度
代谢产物浓度异常(其他) 其他牛油中的代谢物浓度
路径 代谢途径
手机位置 代谢物亚细胞位置
工具书类 有关代谢物的其他详细信息的一般在线参考
综合参考 描述化合物合成的参考

酶、辅因子和转运蛋白文件

字段 描述 来源
姓名 蛋白质或大分子(或其他小分子)的名称
基因名称 基因名称
同义词 替代名称(蛋白质名称、缩写等)
蛋白质序列 氨基酸序列
残留物数量 蛋白质序列中的氨基酸数量
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分子量(道尔顿) 分子量单位为道尔顿或g/mol
  • 自动
理论pI 理论等电点
  • 自动
GO分类 基因本体分类,包括功能、细胞过程和位置
一般功能 主要功能的简短3-4字摘要
特定功能 具体功能的30-40字详细摘要
路径 给定分子参与的关键途径或过程(来自SMPD)
反应 给定分子参与的反应
Pfam域函数 PFAM域的名称和ID号
信号 信号肽或其他定位信号在序列中的位置
跨膜区域 跨膜螺旋的数量和位置
GenBank ID蛋白质 GenBank蛋白质ID(如果存在)
UniProt ID/名称 UniProt ID(如果存在)
PDB ID PDB ID(如果存在)
手机位置 给定蛋白质或大分子在细胞内部或周围的位置(细胞质、细胞核、膜等)
基因序列 给定分子的DNA序列(来自cDNA)
GenBank ID基因 GenBank数据库基因标识符和链接
染色体定位 16个分子中任意一个的分子位置酿酒酵母
基因座 基因染色体位置的更详细位置
工具书类 Pubmed引用