关于人类代谢组数据库

人类代谢组数据库（HMDB）是一个免费的电子数据库，包含人体中发现的小分子代谢物的详细信息。它旨在应用于代谢组学、临床化学、生物标记物发现和普通教育。数据库设计为包含或链接三种数据：1）化学数据，2）临床数据，3）分子生物学/生物化学数据。该数据库包含220945个代谢物条目，包括水溶性和脂溶性代谢物。此外，8610个蛋白质序列（酶和转运蛋白）与这些代谢产物条目相关。每个MetaboCard条目包含130个数据字段，其中2/3的信息用于化学/临床数据，1/3的信息用于酶或生化数据。许多数据字段超链接到其他数据库(凯格,公共化学,MetaCyc公司,中国电子商务研究院,PDB公司,UniProt公司、和GenBank（基因银行）)以及各种结构和路径查看小程序。HMDB数据库支持广泛的文本、序列、化学结构、MS和NMR光谱查询搜索。四个附加数据库，药物数据库,T3DB（T3DB）,SMPDB公司和粮食数据库也是HMDB数据库套件的一部分。药物数据库包含2832种药物和800种药物代谢物的等效信息，T3DB（T3DB）包含约3670种常见毒素和环境污染物的信息，SMPDB公司包含约132335条人类代谢、药物和疾病途径的路径图以及约60628条其他生物体的路径图，而粮食数据库包含约70000种食品成分和食品添加剂的同等信息。

简单文本查询（如上）支持数据库。单击浏览菜单标题（在HMDB导航上面板上方）生成HMDB内容的表格概要。此浏览视图允许用户随意滚动数据库或重新排序其内容。单击给定的HMDB ID将显示相应代谢物的完整数据内容。这个生物标本浏览菜单中的链接生成超链接表格，列出正常和异常浓度23种不同生物样品的不同代谢物。在“搜索”菜单中ChemQuery结构搜索链接允许用户绘制（使用ChemSketch小程序）或编写（使用SMILES字符串）一个化合物，并在HMDB中搜索类似或相同的化学品到查询复合。这个文本查询支持更多的文本部分的复杂文本搜索（部分单词匹配、区分大小写、拼写错误等）HMDB。这个序列搜索允许用户执行BLAST序列搜索在HMDB中包含的8299个以上的基因和蛋白质序列中。单序列和多序列BLAST查询支持。这个高级搜索链接打开一个易于使用的关系查询搜索工具，允许用户选择或搜索子字段的各种组合。这个高级搜索是HMDB最复杂的搜索工具。这个MS搜索允许用户提交将根据HMDB的库搜索的质谱文件（MoverZ格式）LC-MS/MS光谱。这允许通过LC-MS/MS光谱鉴定混合物中的代谢物。这个一维和二维核磁共振搜索允许用户提交1H或13C核磁共振谱（纯谱和混合物谱）或2D TOCSY或13C HSQC的峰列表光谱，并将这些光谱与NMR文库进行比较包含在HMDB中。这允许通过核磁共振波谱鉴定混合物中的代谢物。这个下载链接提供指向收集的序列、图像和文本的链接与HMDB关联的文件。这个HML主页按钮链接到人类代谢组库（HML）主页。这个HML列出了世界各地的研究人员可以付费订购的代谢物。最后，在“关于”菜单下HMDB有链接统计，以及有关数据源用于组装HMDB。

HMDB是公平的。具体来说，它是：

可查找：
为（元数据）数据分配一个全局唯一且永久持久的标识符。
HMDB中的所有数据和元数据都分配了一个7位的全局唯一HMDB标识符。此标识符可在数据库中搜索，并与在线数据库中的所有数据相关联。此外，标识符与可从数据库下载的所有数据相关联。
F2.用丰富的元数据描述数据。
HMDB中的所有数据都使用丰富的元数据进行描述。详细描述了每种化合物、物理性质、浓度、途径图和光谱。结构、名称、同义词、生物来源（如有）、描述、途径、浓度、实验细节和其他相关数据均附在参考数据之后。此外，还为每个条目提供了科学参考。
F3.meta）数据在可搜索资源中注册或索引。
HMDB中的所有数据和元数据都通过HMDB在线数据库进行索引、查看和注册，网址为网址：https://hmdb.ca
元数据指定数据标识符。
HMDB中的所有元数据条目都与HMDB标识符以及相关的浓度、疾病、途径和光谱数据直接关联。

可访问：
A1（元数据）数据可通过使用标准化通信协议的标识符检索。
HMDB中的所有数据和元数据都可以通过HMDB网站从其HMDB标识符中检索。同样，HMDB中的所有数据都可以通过HMDB的下载部分通过标准互联网通信协议以JSON、CSV、TXT、PNG、XML、mzML和/或nmrML格式下载。HMDB中的所有MS光谱也可以通过其SPLASH标识符通过互联网访问。所有化学结构数据均以通用可读格式提供：SMILES、SDF、MOL、InChI、InChIKey和PDB格式。
A1.1该协议是开放的、免费的，并且可以普遍实施。
HMDB网站是开放和免费的，其数据下载操作与所有现代网络浏览器兼容。HMDB的可下载数据有多种格式（JSON、CSV、TXT、PNG、XML、mzML和/或nmrML），通用可读。
A1.2协议允许在必要时进行身份验证和授权程序。
访问或下载HMDB的数据不需要身份验证或授权。
A2元数据是可访问的，即使数据不再可用。
HMDB的所有元数据都链接或可链接到更永久的数据源（PubMed、PubChem、ChEBI、MetaboLights、NP-MRD、MarkerDB等）。HMDB可免费下载的数据（和元数据）的可用性确保了其元数据将存在，并且在数据库的生命周期之外可以访问。

可互操作：
（元数据）使用一种正式的、可访问的、共享的和广泛适用的语言来表示知识。
HMDB中的所有文本数据和元数据均以英语编写，所有光谱数据均采用nmrML和mzML交换格式，所有MS光谱均可通过SPLASH标识符引用，所有化学结构数据均采用SMILES、SDF、MOL、InChI、InChIKey和PDB格式，所有图像均以PNG格式存储，所有化合物和光谱数据的命名遵循用于描述这些实体的标准IUPAC命名、本体或词汇。
（元数据）使用遵循公平原则的词汇表。
HMDB中的所有数据和元数据都使用开放、可查找、可访问、可互操作和可重用的本体论、命名法和词汇表。
I3.（元数据）包括对其他（元数据）数据的限定引用。
HMDB中的所有数据和元数据都被充分引用，并对其来源和来源进行了详细描述。

可重复使用：
R1.元数据具有多个准确且相关的属性。
HMDB中由其策展团队保存的所有数据和元数据都经过了多位技术娴熟的策展人的精心策划和审查。已使用综合数据检查软件自动检查存入HMDB的所有数据的准确性和一致性。HMDB中的所有数据都具有HMDB管理团队所知的相关、最新和准确的属性。
R1.1。（元数据）数据的发布带有清晰且可访问的数据使用许可证。
HMDB中的所有数据和元数据都是根据知识共享（CC）属性-非商业（NC）4.0国际许可条件发布的。
第1.2段。（元数据）数据与其来源相关。
HMDB中的所有数据和元数据都有其来源和来源的详细描述
第1.3段。（元）数据符合领域相关的社区标准。
代谢组学社区成员对HMDB中的数据和元数据进行了广泛的同行审查。HMDB中的数据符合同行评审科学期刊和国际科学会议的出版标准。