所有尼安德特人序列与人类和黑猩猩基因组的比对可从BAM格式获得。在此处下载。
所有尼安德特人序列与人类和黑猩猩基因组的比对尼安德特尔人的读取数据通过一个名为ANFO的定制映射器映射到人类基因组（hg18）(http://bioinf.eva.mpg.de/anfo). 这个定制的比对程序是为了考虑到古代DNA的特征而开发的。根据Briggs等人的观察和实施，{Briggs，2009 Science}，ANFO对被认为是双链和单链的DNA使用不同的替代矩阵，如果这样做可以获得更好的分数，则它们之间的变化。
对于每个库，一致序列都是由相同尼安德特尔分子的多次读取构建而成的，定义为具有相同的方向、读取长度、对齐长度和对齐起始坐标。所有这些簇，不管它们的映射质量如何，都被它们的一致序列所取代。对于每个观察基和每个可能的原始基，我们根据其质量分数计算观察的可能性。具有最高质量分数的基数（通过将每个可能性除以总可能性来计算）被用作一致性。