集合变量效应预测器(VEP)

集合变量效应预测器(VEP)


VEP决定您的变体的效果(SNP、插入、,基因、转录物和蛋白质序列以及调控区域。

只需输入变体的坐标和核苷酸变化即可找到:
  • 基因抄本受变体影响
  • 位置变体(例如转录物上游、编码序列、非编码RNA、调控区域)
  • 后果蛋白质序列上的变体(例如停止获得、错义、停止丢失、移码),请参见不同后果
  • 已知变体与你的相匹配,以及来自1000基因组项目
  • SIFT公司聚苯基-2蛋白质序列变化得分
  • …还有更多!请参见数据类型,版本.

112版有什么新功能?


VEP接口

Web界面

  • 点击式界面
  • 适合较小的数据量

命令行工具

  • 更多选项和灵活性
  • 对于大量数据

REST API

  • 语言相关API
  • 简单的基于URL的查询


出版物

如果您使用VEP,请引用我们的更新出版物,以便我们继续支持VEP开发:

引用我们

迈凯轮W、吉尔L、亨特SE、里亚特HS、里奇GR、托曼A、弗利切克P、坎宁安F。
集合变量效应预测器。
基因组生物学6月6日;17(1):122. (2016)
doi:10.1186/s13059-016-0974-4



VEP相关工具

变体记录器

翻译变量标识符HGVS符号所有可能的变体ID和HGVS

命令行(VEP):

从GitHub克隆| 下载(zip)

REST API:

变体记录器REST API

单生龙

计算观察到的转录本单倍型序列基于阶段性基因型数据

命令行(VEP):

从GitHub克隆| 下载(zip)

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