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在本节中
集合变量效应预测器(VEP)
VEP web界面
VEP命令行
数据格式
变量记录器
单龙类
车辆常见问题
变型模拟器
VCF至PED转换器
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API和软件
信号群工具
信号群工具
我们提供了许多现成的工具来处理我们的数据和
你的。
我们通常在10天后从服务器中删除结果,但如果您有
集成帐户
您将能够无限期地保存结果。
处理您的数据
姓名
描述
在线工具
上传限制
下载脚本
文档
变量效应预测器
通过我们的变量影响预测(VEP)工具分析您自己的变量并预测已知和未知变量的功能后果。
50 MB*
变量记录器
将变体标识符、HGVS符号或基因组SPDI符号转换为所有可能的变体ID、HGVS、VCF格式和基因组SPDI。
建议使用Maximun 1000变体
爆破/爆破
在我们的基因组中搜索你的DNA或蛋白质序列。
50 MB
文件变色龙
转换集成文件以与其他分析工具一起使用
装配转换器
将数据的坐标映射(liftover)到当前程序集。
50 MB
ID历史转换器
将早期版本中的一组信号群ID转换为当前等效ID。
50 MB
连杆不平衡计算器
使用选定人群的基因型计算变异之间的LD。
VCF至PED转换器
解析一个vcf文件以创建一个链接系谱文件(ped)和一个标记信息文件,这些文件可以一起加载到ld可视化工具(如Haploview)中。
数据分割器
从BAM或VCF文件中获取数据子集。
*对于较大的数据集,我们提供了一个可以下载的API脚本(您还需要安装下面的Perl API来运行脚本)。
访问信号群数据
姓名
描述
从以下位置获取:
文档
生物城
使用此数据挖掘工具从Ensembl导出自定义数据集。
Ensemb生物集市
Ensembl Perl API
使用简单的Perl脚本对所有Ensembl数据进行编程访问
github
或
FTP下载
(仅限当前版本)
集成虚拟机
带有Ubuntu桌面的VirtualBox虚拟机,预先配置了最新的Ensembl API和Variant Effect Predictor(VEP)。
注意:下载量>1 GB
FTP下载
集成REST服务器
使用您喜爱的编程语言访问Ensembl数据
rest.ensembl.org网站
个人数据