北极地松鼠组装和基因注释

装配

ASM342692v1组件由UAF于2018年8月提交。该组件位于脚手架水平面上，由79883个连体构件组装成15884个脚手架。N50大小是指组装基因组的50%位于N50大小或更长的区块中的长度。连续梁的N50长度为91013，脚手架的N50为3964291。

基因注释

基因注释过程是通过结合蛋白质到基因组比对、来自合适参考物种的注释映射和RNA-seq比对（其中RNA-seq-数据和适当元数据是公开的）来进行的。对于每个候选基因区域，根据进化距离、源数据的实验证据和比对质量，应用选择过程来选择最合适的转录物集。
结合BLAST和Inferal/RNAfold获得小的ncRNA。
假基因是通过观察含有大量非生物内含子（内含子<10bp）的基因来计算的，在这些基因中，该基因被重复所覆盖，或者该基因是单个外显子，并且在基因组的其他地方发现了功能性多xon paralog的证据。
lincRNAs是通过RNA-seq数据生成的，在转录本中没有发现蛋白质同源性或蛋白质结构域的证据。

• 啮齿动物分支基因构建的详细信息（PDF格式）

根据劳德代尔堡协议，请在使用这些数据发布任何全基因组分析之前检查基因组/组装的发布状态。

更多信息

有关该物种的一般信息，请参阅维基百科.